近日，有企業(yè)來電咨詢，總分機(jī)構(gòu)、母子公司在年終匯算清繳企業(yè)所得稅時，其企業(yè)所得稅納稅方式中經(jīng)常提到的匯總納稅和合并納稅是如何區(qū)分的，在稅款的計(jì)算上是否存在差別？
合并納稅適用的企業(yè)
《國家稅務(wù)總局所得稅管理司關(guān)于合并繳納企業(yè)所得稅政策執(zhí)行問題的函》（所便函[2008]27號）明確，《企業(yè)所得稅法》第五十二條規(guī)定：“除國務(wù)院另有規(guī)定外，企業(yè)之間不得合并繳納企業(yè)所得稅”。在國務(wù)院對企業(yè)合并繳納企業(yè)所得稅政策尚未作出規(guī)定前，原經(jīng)國家稅務(wù)局批準(zhǔn)實(shí)行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)，暫按原規(guī)定繼續(xù)執(zhí)行。
《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于試點(diǎn)企業(yè)集團(tuán)繳納企業(yè)所得稅有關(guān)問題的通知》（財(cái)稅[2008]119號）為確保《企業(yè)所得稅法》的平穩(wěn)實(shí)施，根據(jù)新《稅法》第五十二條規(guī)定，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，對2007年12月31日前經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)或按國務(wù)院規(guī)定條件批準(zhǔn)實(shí)行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團(tuán)，在2008年度繼續(xù)按原規(guī)定執(zhí)行。從2009年1月1日起，上述企業(yè)集團(tuán)一律停止執(zhí)行合并繳納企業(yè)所得稅政策。
根據(jù)上述規(guī)定，目前，可以實(shí)行集團(tuán)內(nèi)合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)僅限于上述名單范圍內(nèi)的企業(yè)，其他企業(yè)一律不得自行合并繳納企業(yè)所得稅。在該名單上有包括中國五礦集團(tuán)、中糧集團(tuán)、中化集團(tuán)等106家集團(tuán)企業(yè)。
匯總納稅適用的企業(yè)
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）第二條規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所（以下簡稱分支機(jī)構(gòu)）的，該居民企業(yè)為匯總納稅企業(yè)（以下簡稱企業(yè)），除另有規(guī)定外，適用本辦法。
因此，對于實(shí)行匯總繳納方式的企業(yè)是指在同一法人主體下，在境內(nèi)跨地區(qū)設(shè)立了不具有法人資格的機(jī)構(gòu)或者場所的情況下，需要按照國稅發(fā)[2008]28號文件相關(guān)規(guī)定進(jìn)行匯總繳納。第三條規(guī)定，企業(yè)實(shí)行統(tǒng)一計(jì)算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫的企業(yè)所得稅征收管理辦法。第四條規(guī)定，統(tǒng)一計(jì)算，是指企業(yè)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。第六條規(guī)定，就地預(yù)繳，是指總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)預(yù)繳企業(yè)所得稅。第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)進(jìn)行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補(bǔ)稅款。
對于總分機(jī)構(gòu)的匯總繳納是按同一法人主體進(jìn)行統(tǒng)一計(jì)算企業(yè)所得稅，只是在季度時分支機(jī)構(gòu)需要按照國稅發(fā)[2008]28號文件中相關(guān)規(guī)定在所在地進(jìn)行預(yù)繳企業(yè)所得稅，但這部分預(yù)繳的企業(yè)所得稅可以在年終與總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯算時抵減總機(jī)構(gòu)應(yīng)繳企業(yè)所得稅。
根據(jù)以上規(guī)定，匯總繳納適用于總分企業(yè)之間納稅；合并繳納適用于母子公司之間納稅。只要是總企業(yè)、分企業(yè)關(guān)系，可直接按《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》規(guī)定，實(shí)行統(tǒng)一計(jì)算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫的企業(yè)所得稅征收管理辦法計(jì)算繳納稅款。而母子公司之間實(shí)現(xiàn)合并納稅，必須經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)。
目前，總機(jī)構(gòu)在年終匯算清繳企業(yè)所得稅時，其利潤總額并不是單個分支機(jī)構(gòu)利潤總額簡單相加，而是總企業(yè)、分企業(yè)會計(jì)報(bào)告的并表。也可以理解扣減掉內(nèi)部抵消利潤后確定，就是將整個企業(yè)視為一個企業(yè)核算。