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會影響出口退稅額。因為退稅通常以出口貨物離岸價格為基礎(chǔ)計算，貨款被扣實際收款減少，計算退稅的價格基礎(chǔ)降低，退稅額會相應(yīng)減少。 增值稅專用發(fā)票金額與收款不符，可能導致稅務(wù)合規(guī)問題。若按原發(fā)票金額申報退稅而實際收款減少，可能不符合退稅條件，需要妥善處理，如開具紅字發(fā)票。 不同貿(mào)易方式（FOB、CIF 等）和合同約定條款也會對退稅產(chǎn)生影響。貿(mào)易方式?jīng)Q定了賣方責任范圍，合同約定的質(zhì)量問題處理方式和扣款辦法會影響收入和退稅。