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根據(jù)相關(guān)規(guī)定，農(nóng)民工的個人所得稅應(yīng)由支付所得的單位代扣代繳。在你描述的情況中，雖然是總包代發(fā)了農(nóng)民工工資，但小規(guī)模建筑勞務(wù)公司作為支付農(nóng)民工工資的單位，仍是農(nóng)民工個人所得稅的扣繳義務(wù)人。 如果總包申報了個稅，這部分工資可以作為總包的成本。而對于分包工程款，扣除的部分仍然應(yīng)算為分包的收入。 分包不能再用這部分工資做稅前扣除。因為這部分工資已經(jīng)在總包處進(jìn)行了核算和扣除，不能重復(fù)在分包處進(jìn)行稅前扣除。 根據(jù)《保障農(nóng)民工工資支付條例》，用人單位應(yīng)當(dāng)實行農(nóng)民工勞動用工實名制管理，與招用的農(nóng)民工書面約定或者通過依法制定的規(guī)章制度規(guī)定工資支付標(biāo)準(zhǔn)、支付時間、支付方式等內(nèi)容。并且，用人單位應(yīng)當(dāng)按照工資支付周期編制書面工資支付臺賬，并至少保存3年。書面工資支付臺賬應(yīng)當(dāng)包括用人單位名稱，支付周期，支付日期，支付對象姓名、身份證號碼、聯(lián)系方式，工作時間，應(yīng)發(fā)工資項目及數(shù)額，代扣、代繳、扣除項目和數(shù)額，實發(fā)工資數(shù)額，銀行代發(fā)工資憑證或者農(nóng)民工簽字等內(nèi)容。用人單位向農(nóng)民工支付工資時，應(yīng)當(dāng)提供農(nóng)民工本人的工資清單。 另外，若勞務(wù)公司與農(nóng)民工簽訂了勞動合同，那么勞務(wù)公司需按工資薪金代扣代繳個人所得稅，并向工程作業(yè)所在地稅務(wù)機關(guān)申報繳納。如果未簽訂勞動合同，而是存在勞務(wù)派遣或個人包工頭隊伍等情況，則個人所得稅的申報方式會有所不同，具體規(guī)定可參考《國家稅務(wù)總局關(guān)于建筑安裝業(yè)跨省異地工程作業(yè)人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第52號）等相關(guān)文件。