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根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條的規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。然而，在特殊情況下，如果經(jīng)過國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門或其授權(quán)的財政、稅務(wù)機關(guān)的批準(zhǔn)，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。 對于企業(yè)所得稅，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第五十條第二款和《企業(yè)所得稅法實施條例》第一百二十五條的規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。這意味著，在總分機構(gòu)的情況下，企業(yè)所得稅是需要匯總計算并繳納的。 在匯算清繳時，總公司和分公司都需要進行匯算清繳。一般來說，總公司會先匯總所有分支機構(gòu)的數(shù)據(jù)進行統(tǒng)一匯算清繳，并在總部進行申報。然后，總公司會將需要補交的稅款或需要退還的稅款在總分機構(gòu)之間進行分配。具體的分配比例和方法可能會根據(jù)稅收政策和相關(guān)法規(guī)的具體規(guī)定而有所不同。 在稅款繳納方面，由于總公司已經(jīng)進行了統(tǒng)一的匯算清繳和稅款分配，因此分公司按照其分攤的稅款在當(dāng)?shù)赝瓿衫U納即可，不會出現(xiàn)稅款重復(fù)繳納的情況