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這種情況下，支付貨款不能在分公司支付。合同若要由分公司支付貨款，必須更改成分公司合同，以便完成支付手續(xù)。一般情況下，在需要進(jìn)行合同更改時(shí)，雙方必須重新簽訂一份新的分公司合同，新的分公司合同必須與總公司的合同內(nèi)容保持一致，而且簽字雙方也必須與總公司合同保持一致，以示合同合法性。此外，當(dāng)分公司向總公司發(fā)票時(shí)，須注意發(fā)票上面的發(fā)票公司為分公司，而不能按總公司發(fā)票。本次支付貨款與合同簽署不能外派，必須在支付機(jī)構(gòu)上登記，納稅方可完成支付手續(xù)。拓展知識(shí)：合同等法律文件是根據(jù)雙方的實(shí)際情況簽訂的，才能得到有效合法的保護(hù)，以防止雙方糾紛。