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根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)，如果個人經(jīng)營所得在稅務局代開發(fā)票有好幾十萬，該員工仍然需要按照《企業(yè)所得稅法》等有關(guān)規(guī)定進行年度匯算清繳。具體而言，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第一百五十六條的規(guī)定，應當為營業(yè)收入和其他收入扣除稅費的，稅務機關(guān)應當予以確認，并交納企業(yè)所得稅。企業(yè)所得稅是一種按年累積征收的企業(yè)所得稅，可以由企業(yè)經(jīng)過預繳、年報結(jié)轉(zhuǎn)、補繳等方式清繳稅款。鑒于該納稅人根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)應當支付企業(yè)所得稅，因此他在年底匯算清繳中應當交納企業(yè)所得稅。 拓展：企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)所得稅應當按月預繳或者按季度預繳，按季度預繳的，應當在上一季的最后一個月的最后一個工作日前支付。因此，建議納稅人及時繳納企業(yè)所得稅，避免出現(xiàn)稅負超標的情況發(fā)生。