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首先，可以確定是否是真實發(fā)生的抵扣，因為進項稅余額跟未抵扣的稅額不匹配，可以核實相關(guān)抵扣憑證或資料是否存在，當(dāng)存在的情況下，這個時候就應(yīng)該向稅務(wù)機關(guān)申報更正，把負的稅額變?yōu)檎愵~，而不是用新的發(fā)票補貼。另外，如果該發(fā)票已被認證抵扣，而沒有拿回來，則應(yīng)該提供相關(guān)的憑證，證明該發(fā)票的抵扣是真實存在的，就可以更正差錯了，如果拿不回來，則應(yīng)該向稅務(wù)機關(guān)申報發(fā)票遺失，避免發(fā)生被稽查所帶來的問題。 此外，如果是同一家公司之間的發(fā)票，應(yīng)該及時處理，考慮到有可能會被稽查，及時在系統(tǒng)中核實，如果系統(tǒng)中無法確定，最好是向稅務(wù)機關(guān)提供相關(guān)發(fā)票，開滿后及時補繳，以免發(fā)生差錯，影響到企業(yè)及稅務(wù)機關(guān)的稽查工作。