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計算農產品免稅發(fā)票認證抵扣稅額的方法為：首先，確定認證的農產品的稅率。根據《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》第二十六條規(guī)定，認定的營業(yè)稅稅率為“零稅率”；然后，計算出每一項農產品認證抵扣稅額，把每一項農產品認證抵扣稅額加總，就是最終的農產品認證抵扣稅額。 如果要申請農產品免稅發(fā)票，還應按照國家關于農業(yè)稅收優(yōu)惠政策的相關規(guī)定，向稅收機關準確提供農產品的認證等相關信息，以便做到全面信息的確認，以達到真正的稅收優(yōu)惠效果。最后，建議有辦理農產品免稅發(fā)票需求的申請人，可以向稅收機關詢問相關政策，并及時上報相關稅費等情況，以使準確計算稅收優(yōu)惠，最大限度減少負擔。