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不能，根據(jù)《中華人民共和國(guó)公司法》第六十一條規(guī)定，只有特定類(lèi)型的公司，如內(nèi)資公司、外商投資企業(yè)和外資企業(yè)，才能成立在深圳設(shè)立公司。東莞新設(shè)立的公司不屬于此類(lèi)范圍，故不能對(duì)深圳在運(yùn)作的公司進(jìn)行百分之百控股。此外，在注冊(cè)公司時(shí)，公司法也規(guī)定了一些審核規(guī)則，包括公司資本金、公司法定代表人、公司類(lèi)型等需要符合特定的條件才能夠進(jìn)行注冊(cè)。因此，想要百分之百控股深圳運(yùn)營(yíng)的公司，東莞新設(shè)立的公司是無(wú)法完成的。 拓展知識(shí)： 對(duì)于想要投資深圳企業(yè)的公司，除了百分之百控股之外，還可以采取其他方式，例如投資企業(yè)股份、設(shè)立合資企業(yè)以及投資深圳企業(yè)的子公司。同時(shí)，也可以投資深圳的上市公司，通過(guò)買(mǎi)入股票的方式獲得投資收益。最后，投資者也可以創(chuàng)建投資基金，以投資深圳企業(yè)為主。