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貨物運輸合同印花稅的計算方法如下：
1. 根據(jù)合同金額確定應繳納的印花稅額度，印花稅稅率為0.05%。
2. 如果合同金額超過100萬元，則按照超過部分的金額再乘以0.03%的稅率，加上100萬元以下部分的印花稅金額，即為實際應繳納的印花稅金額。
3. 如果合同金額不足100元，則不需要繳納印花稅。
4. 如果合同為無償合同，則不需要繳納印花稅。

需要注意的是，貨物運輸合同的印花稅應該由雙方共同承擔，即印花稅的繳納應該在合同簽訂時由雙方按照約定的比例分攤。