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進項稅不能抵扣的處理方法主要有以下幾種：
1. 計入成本：將進項稅計入成本中，不予以抵扣，最終計入成本費用中。
2. 計入費用：將進項稅計入費用中，不予以抵扣，最終計入費用費用中。
3. 退稅：如果進項稅不能抵扣的原因是因為購買的貨物或服務被退貨或退款，可以向稅務機關申請退稅。
4. 轉(zhuǎn)出：如果企業(yè)購進的貨物或服務用于非增值稅納稅人的生產(chǎn)經(jīng)營活動，可以將進項稅轉(zhuǎn)出。
5. 不予認證：如果進項稅是因為發(fā)票問題無法認證，可以不予認證，不予以抵扣。

需要注意的是，以上處理方法需要根據(jù)具體情況進行選擇，同時需要遵守相關稅法規(guī)定。