根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于取消“單位和個(gè)人從事技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)開發(fā)業(yè)務(wù)免征營(yíng)業(yè)稅審批”后有關(guān)稅收管理問題的通知》（國(guó)稅函[2004]825 號(hào)）規(guī)定，《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于貫徹落實(shí)<中共中央、國(guó)務(wù)院關(guān)于加強(qiáng)技術(shù)創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實(shí)現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定>有關(guān)稅收問題的通知》（財(cái)稅字[1999]273 號(hào)）第二條第三款有關(guān)“單位和個(gè)人（不包括外資企業(yè)、外籍個(gè)人）從事技術(shù)轉(zhuǎn)讓、開發(fā)業(yè)務(wù)申請(qǐng)免征營(yíng)業(yè)稅時(shí)，須持技術(shù)轉(zhuǎn)讓、開發(fā)的書面合同，到納稅人所在地省級(jí)科技主管部門進(jìn)行認(rèn)定，再持有關(guān)的書面合同和科技主管部門審核意見證明報(bào)當(dāng)?shù)厥〖?jí)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核”予以取消。取消審核手續(xù)后，納稅人的技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)開發(fā)的書面合同仍應(yīng)到省級(jí)科技主管部門進(jìn)行認(rèn)定，并將認(rèn)定后的合同及有關(guān)證明材料文件報(bào)主管地方稅務(wù)局備查。主管地方稅務(wù)局要不定期地對(duì)納稅人申報(bào)享受減免稅的技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)開發(fā)合同進(jìn)行檢查，對(duì)不符合減免稅條件的單位和個(gè)人要取消稅收優(yōu)惠政策，同時(shí)追繳其所減免的稅款，并按照《稅收征收管理法》的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處罰。
根據(jù)上述規(guī)定，如果企業(yè)能夠自行開具轉(zhuǎn)讓無形資產(chǎn)發(fā)票，則可以就此部分收入免繳營(yíng)業(yè)稅，同時(shí)企業(yè)需要按上述規(guī)定將相關(guān)資料準(zhǔn)備備查；如果如問題所述情況需要到當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)代開發(fā)票，則需要將有關(guān)資料先向相關(guān)部門（通常是分局的政策法制科）進(jìn)行報(bào)備，再由稅務(wù)機(jī)關(guān)代開發(fā)票，如果符合免稅條件，通常是可以直接減免，即只開具發(fā)票不繳納營(yíng)業(yè)稅，一般不會(huì)采取先繳納稅款再退稅的做法。