為避免所得稅對企業(yè)重組的負面影響，保證稅收的中立性，有關(guān)企業(yè)重組的所得稅政策區(qū)分了普通重組與特殊重組。同時符合下列條件的企業(yè)重組，認定為特殊重組：
1.具有合理商業(yè)目的，不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目標；
2.被收購、合并或分立部分資產(chǎn)或股權(quán)符合規(guī)定比例，企業(yè)法律或經(jīng)濟結(jié)構(gòu)發(fā)生實質(zhì)性或重大改變；
3.法律形式被改變、資本結(jié)構(gòu)被調(diào)整、被收購、被合并或分立企業(yè)在重組后連續(xù)12個月內(nèi)，不改變原實質(zhì)經(jīng)營活動；
4.重組交易對價中涉及的主要是股權(quán)支付額，非股權(quán)支付額不超過規(guī)定比例，同時取得股權(quán)的當(dāng)事方不得在隨后的12個月內(nèi)轉(zhuǎn)讓該股權(quán)；
5.重組交易當(dāng)事方涉及境外（包括港澳臺地區(qū)）納稅人的，除符合前述條件外，還應(yīng)該確保被重組企業(yè)資產(chǎn)及企業(yè)股權(quán)所隱含增值稅收管轄權(quán)仍保留在中國境內(nèi)，并適用不低于重組前稅率。
符合上述條件的特殊重組，當(dāng)事各方應(yīng)按以下特殊的稅收規(guī)定進行所得稅處理：
1.除與重組交易的非股權(quán)補價或貨幣性補價相對應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失應(yīng)在交易當(dāng)期確認外，交易各方可暫不確認有關(guān)資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失。
2.非股權(quán)補價或貨幣性補價對應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失=（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值－被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)補價或貨幣性補價÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值）。
【例】以整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓為例，A企業(yè)將全部資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓給B公司，B公司向A企業(yè)支付B企業(yè)股權(quán)，以及非股權(quán)支付額，完成A企業(yè)整體資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓。A全部資產(chǎn)賬面價值8000萬元，A公允價值15000萬元，B向A支付6250萬股本企業(yè)股票（面值1元），賬面價值6250萬元，公允價值14000萬元。另外支付非股權(quán)支付額1000萬元（銀行存款200萬元，C債券400萬元，公允價值800萬元）。A將本企業(yè)全部資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓給B。
本例中，股權(quán)支付額14000÷支付總額15000＝93%，符合免稅改組條件。
A企業(yè)轉(zhuǎn)讓整體資產(chǎn)所得＝15000－8000＝7000（萬元）。由于雙方屬于免稅改組，同時，A企業(yè)取得了非股權(quán)支付額，應(yīng)按非股權(quán)支付額占改組交易額的比例，確認當(dāng)期應(yīng)納稅所得額。
A企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅所得＝7000×（1000÷15000）＝466.67（萬元）。
A企業(yè)換出整體資產(chǎn)和負債后，取得B企業(yè)的股權(quán)和部分非股權(quán)支付額。由于A企業(yè)采取免稅改組，需將所持有B企業(yè)股權(quán)及部分非股權(quán)支付額進行成本替換（剔除現(xiàn)金對價200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）。
A企業(yè)換出整體資產(chǎn)和負債后，取得B企業(yè)的股權(quán)和部分非股權(quán)支付額。由于A企業(yè)采取免稅改組，需將所持有B企業(yè)股權(quán)及部分非股權(quán)支付額按公允價值計算（剔除已是公允價值現(xiàn)金200萬元）。
A賬面價值＝8000+466.67＝8466.67（萬元）；換入B企業(yè)股權(quán)成本＝8466.67×（14000÷14800）＝8009.01（萬元）；換入B企業(yè)所持C債券成本＝8466.67×（800÷14800）＝457.65（萬元）。
如果A企業(yè)完全按案例計算的數(shù)據(jù)確認應(yīng)稅所得以及換入資產(chǎn)的賬面價值，則會計與稅法不存在差異。很多企業(yè)重組往往按評估價值入賬，熱衷于確認重組利潤，做大資產(chǎn)總額，但不愿繳納所得稅，因此出現(xiàn)會計與稅法差異，一方面對當(dāng)期利潤有影響，需要納稅調(diào)整；另一方面資產(chǎn)賬面價值與計稅成本發(fā)生差異，需要在資產(chǎn)存續(xù)期內(nèi)逐年調(diào)整允許稅前扣除的折舊、攤銷額。
第1列“賬載金額”填報會計核算的賬面金額；第2列“稅收金額”填報稅收規(guī)定的收入金額；第3列“調(diào)增金額”填報按照稅收規(guī)定應(yīng)納稅調(diào)整增加的金額；第4列“調(diào)減金額”填報按照稅收規(guī)定應(yīng)納稅調(diào)整減少的金額。