按照國稅函[2009]694號的規(guī)定，企業(yè)年金的企業(yè)繳費計入個人賬戶的部分是個人因任職或受雇而取得的所得，屬于個人所得稅應稅收入，在計入個人賬戶時，應視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當期應納個人所得稅款，并由企業(yè)在繳費時代扣代繳。
這一規(guī)定實際是降低了納稅人的稅負。因為年金企業(yè)繳費部分如何處理，國家此前并沒有明確的規(guī)定，如果按照商業(yè)保險的規(guī)定處理，就必須納入工資薪金納稅，適用稅率肯定要比單獨算拿出來按一個月工資納稅要高。但在實際操作中，納稅人也要注意以下幾個問題的把握：
1、年金的計算應分為兩部分，即個人所繳納部分應并入到其當月收入中，企業(yè)繳納部分則應單獨適用稅率，通常情況下與個人當月的工資薪金部分適用稅率不同，且不再減除任何費用，即雖然將企業(yè)所繳納年金部分單獨作為一個月薪金，但因為在計算當月工資薪金收入個人所得稅時已考慮到其生計扣除費用，在計算企業(yè)所繳年金時不再考慮費用扣除問題，且單獨適用稅率，這樣往往企業(yè)所繳年金部分可以找到一個比工資更低的稅率，年金的計算方法特殊之處也在于此。
2、企業(yè)按季度、半年或年度繳納企業(yè)繳費的，在計稅時不能分攤到所屬月份，而應將其作為繳費所屬月份的單獨一個月工資、薪金，不扣除任何費用，按照適用稅率計算扣繳個人所得稅，這一點，與我們目前所執(zhí)行的個人所得稅法基本原則是相同的，即個人取得的工資薪金收入應于個人實際取得時計算繳納個人所得稅，對于個人一次性取得原本可能屬于不同月份的工資薪金除法規(guī)有明確規(guī)定外，原則上都不允許進行分攤。
3、根據(jù)國稅函[2009]694號第五條規(guī)定，對于該通知下發(fā)前企業(yè)已按規(guī)定對企業(yè)繳費部分依法扣繳個人所得稅的，稅務機關(guān)不再退稅；企業(yè)未扣繳企業(yè)繳費部分個人所得稅的，稅務機關(guān)應限期責令企業(yè)按以下方法計算扣繳稅款：以每年度未扣繳企業(yè)繳費部分為應納稅所得額，以當年每個職工月平均工資額的適用稅率為所屬期企業(yè)繳費的適用稅率，匯總計算各年度應扣繳稅款。
舉例說明：張某所在的企業(yè)在2008年為其建立了年金，但對于企業(yè)為張某所繳納的年金均未扣繳其個人所得稅，2009年12月15日，根據(jù)國稅函[2009]694號文件規(guī)定，企業(yè)自查為其補稅，則需要按如下方法進行：
張某2008年1月至12月個人所得稅應納稅所得額合計72000元，企業(yè)為其繳納年金合計為2880元，繳納時未扣繳其個人所得稅，則先計算張某2008年月平均工資額：72000/12=6000，6000-2000=4000元，應適用個人所得稅稅率：15%，企業(yè)為張某繳納的2880元應補繳年金個稅：（2880×15%-125）=307元。
可以看出，對于補繳以前年度的企業(yè)繳費年金部分不能適用新發(fā)布的年金計算方法，也可以理解為，對于企業(yè)補繳部分仍為并入其當年工資薪金所得尋找其適用稅率，只是在計算方法上企業(yè)無需將其細化到每一個月，而是可以將全年工資額平均后找到其適用稅率進行補繳。
4、該計算方法應按文發(fā)之日即2009年12月10日起執(zhí)行，對于以前已將企業(yè)繳納年金部分進行扣繳個人所得稅的，其計算方法與本通知方法有差異雖體現(xiàn)為多繳但不退稅，企業(yè)應自2009年12月10日后再為員工個人繳納年金部分可按本通知辦法進行計算。