按照國(guó)稅函[2009]694號(hào)的規(guī)定，企業(yè)年金的企業(yè)繳費(fèi)計(jì)入個(gè)人賬戶的部分是個(gè)人因任職或受雇而取得的所得，屬于個(gè)人所得稅應(yīng)稅收入，在計(jì)入個(gè)人賬戶時(shí)，應(yīng)視為個(gè)人一個(gè)月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費(fèi)用，按照“工資、薪金所得”項(xiàng)目計(jì)算當(dāng)期應(yīng)納個(gè)人所得稅款，并由企業(yè)在繳費(fèi)時(shí)代扣代繳。
這一規(guī)定實(shí)際是降低了納稅人的稅負(fù)。因?yàn)槟杲鹌髽I(yè)繳費(fèi)部分如何處理，國(guó)家此前并沒有明確的規(guī)定，如果按照商業(yè)保險(xiǎn)的規(guī)定處理，就必須納入工資薪金納稅，適用稅率肯定要比單獨(dú)算拿出來(lái)按一個(gè)月工資納稅要高。但在實(shí)際操作中，納稅人也要注意以下幾個(gè)問題的把握：
1、年金的計(jì)算應(yīng)分為兩部分，即個(gè)人所繳納部分應(yīng)并入到其當(dāng)月收入中，企業(yè)繳納部分則應(yīng)單獨(dú)適用稅率，通常情況下與個(gè)人當(dāng)月的工資薪金部分適用稅率不同，且不再減除任何費(fèi)用，即雖然將企業(yè)所繳納年金部分單獨(dú)作為一個(gè)月薪金，但因?yàn)樵谟?jì)算當(dāng)月工資薪金收入個(gè)人所得稅時(shí)已考慮到其生計(jì)扣除費(fèi)用，在計(jì)算企業(yè)所繳年金時(shí)不再考慮費(fèi)用扣除問題，且單獨(dú)適用稅率，這樣往往企業(yè)所繳年金部分可以找到一個(gè)比工資更低的稅率，年金的計(jì)算方法特殊之處也在于此。
2、企業(yè)按季度、半年或年度繳納企業(yè)繳費(fèi)的，在計(jì)稅時(shí)不能分?jǐn)偟剿鶎僭路荩鴳?yīng)將其作為繳費(fèi)所屬月份的單獨(dú)一個(gè)月工資、薪金，不扣除任何費(fèi)用，按照適用稅率計(jì)算扣繳個(gè)人所得稅，這一點(diǎn)，與我們目前所執(zhí)行的個(gè)人所得稅法基本原則是相同的，即個(gè)人取得的工資薪金收入應(yīng)于個(gè)人實(shí)際取得時(shí)計(jì)算繳納個(gè)人所得稅，對(duì)于個(gè)人一次性取得原本可能屬于不同月份的工資薪金除法規(guī)有明確規(guī)定外，原則上都不允許進(jìn)行分?jǐn)偂?
3、根據(jù)國(guó)稅函[2009]694號(hào)第五條規(guī)定，對(duì)于該通知下發(fā)前企業(yè)已按規(guī)定對(duì)企業(yè)繳費(fèi)部分依法扣繳個(gè)人所得稅的，稅務(wù)機(jī)關(guān)不再退稅；企業(yè)未扣繳企業(yè)繳費(fèi)部分個(gè)人所得稅的，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)限期責(zé)令企業(yè)按以下方法計(jì)算扣繳稅款：以每年度未扣繳企業(yè)繳費(fèi)部分為應(yīng)納稅所得額，以當(dāng)年每個(gè)職工月平均工資額的適用稅率為所屬期企業(yè)繳費(fèi)的適用稅率，匯總計(jì)算各年度應(yīng)扣繳稅款。
舉例說(shuō)明：張某所在的企業(yè)在2008年為其建立了年金，但對(duì)于企業(yè)為張某所繳納的年金均未扣繳其個(gè)人所得稅，2009年12月15日，根據(jù)國(guó)稅函[2009]694號(hào)文件規(guī)定，企業(yè)自查為其補(bǔ)稅，則需要按如下方法進(jìn)行：
張某2008年1月至12月個(gè)人所得稅應(yīng)納稅所得額合計(jì)72000元，企業(yè)為其繳納年金合計(jì)為2880元，繳納時(shí)未扣繳其個(gè)人所得稅，則先計(jì)算張某2008年月平均工資額：72000/12=6000，6000-2000=4000元，應(yīng)適用個(gè)人所得稅稅率：15%，企業(yè)為張某繳納的2880元應(yīng)補(bǔ)繳年金個(gè)稅：（2880×15%-125）=307元。
可以看出，對(duì)于補(bǔ)繳以前年度的企業(yè)繳費(fèi)年金部分不能適用新發(fā)布的年金計(jì)算方法，也可以理解為，對(duì)于企業(yè)補(bǔ)繳部分仍為并入其當(dāng)年工資薪金所得尋找其適用稅率，只是在計(jì)算方法上企業(yè)無(wú)需將其細(xì)化到每一個(gè)月，而是可以將全年工資額平均后找到其適用稅率進(jìn)行補(bǔ)繳。
4、該計(jì)算方法應(yīng)按文發(fā)之日即2009年12月10日起執(zhí)行，對(duì)于以前已將企業(yè)繳納年金部分進(jìn)行扣繳個(gè)人所得稅的，其計(jì)算方法與本通知方法有差異雖體現(xiàn)為多繳但不退稅，企業(yè)應(yīng)自2009年12月10日后再為員工個(gè)人繳納年金部分可按本通知辦法進(jìn)行計(jì)算。