無論是法定保險或是年金，都應分為企業(yè)為個人繳納部分與個人實際繳納部分分別處理。
（一）個人實際繳納部分，法定保險允許在其個人所得稅前扣除，而年金則不能在個稅前扣除。
依據(jù)財稅[2006]10號第一條規(guī)定，個人按照國家或省（自治區(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除；而國稅函[2009]694號文件第二條則規(guī)定，個人繳納年金部分不能在計算個人所得稅前進行扣除。
如：王某當月工資4000元，扣除個人實際繳納的基本養(yǎng)老保險、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費、公積金后余3080元，企業(yè)建立了年金制度，個人實際繳納160元，王某當月領取工資2920元。則依據(jù)上述規(guī)定，王某雖然當月實際領取工資為2920元，但其當月應納稅所得額應為3080元（2920 160），即個人實際繳納的160元年金部分不能作稅前扣除，需要計入到其王某當月的工資薪金中計算繳納個人所得稅。
（二）企業(yè)為個人所繳納的法定保險有免稅部分，而年金應全額征收個人所得稅。
依據(jù)《財政部、國家稅務總局關于基本養(yǎng)老保險費基本醫(yī)療保險費失業(yè)保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）第一條規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，免征個人所得稅，但需要注意的是，對于超過規(guī)定的比例和標準繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，應將超過部分并入個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅，即法定保險是有免征部分的；而國稅函[2009]694號文件第二條則規(guī)定，企業(yè)年金的企業(yè)繳費計入個人賬戶的部分是需要計征個人所得稅的，在該文件中同時規(guī)定，年金在計入個人賬戶時，應視為個人一個月的工資、薪金（不與正常工資、薪金合并），不扣除任何費用，按照“工資、薪金所得”項目計算當期應納個人所得稅款，并由企業(yè)在繳費時代扣代繳。
舉例說明：接上例，王某當月應納稅所得額為3080元，而王某所在企業(yè)為其繳納年金160元，則王某當月實際應繳納個人所得稅應為：
[（3080-2000）×10%-25] 160×5%=83 8=91（元）
即：王某當月個人所得稅應繳納91元。