根據(jù)《企業(yè)所得稅暫行條例》及其實(shí)施細(xì)則，《中華人民共和國稅收征收管理法》及《國家稅務(wù)總局企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的規(guī)定，企業(yè)所得稅的匯算清繳應(yīng)按以下程序進(jìn)行：
（一）匯算清繳期限企業(yè)繳納所得稅，按年計算，分月或者分季預(yù)繳
納稅人應(yīng)當(dāng)在月份或者季度終了后十五日內(nèi)，向其所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報送會計報表、預(yù)繳所得稅申報表和納稅人發(fā)生的應(yīng)由稅務(wù)機(jī)關(guān)審批或備案的有關(guān)稅務(wù)事項；年度終了后四十五日內(nèi)，向其所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報送會計決算報表和所得稅申報表，在年度終了后四個月內(nèi)結(jié)清應(yīng)補(bǔ)繳的稅款。預(yù)繳稅款超過應(yīng)繳稅款的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)予以及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應(yīng)繳納的稅款。
應(yīng)注意的是：
1、實(shí)行按月或按季預(yù)繳所得稅的納稅人，其納稅年度最后一個預(yù)繳期的稅款應(yīng)于年度終了后15日內(nèi)申報和預(yù)繳，不得推延至匯算清繳時一并繳納。
2、若納稅人已按規(guī)定預(yù)繳稅款，因特殊原因不能在規(guī)定期限辦理年度企業(yè)所得稅申報的，則應(yīng)在申報期限內(nèi)提出書面延期申請，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)后，在核準(zhǔn)的期限內(nèi)辦理。
3、若納稅人因不可抗力而不能按期辦理納稅申報的，可以延期辦理；但是，應(yīng)當(dāng)在不可抗力情形消除后立即向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報告。主管稅務(wù)機(jī)關(guān)經(jīng)查明事實(shí)后，予以核準(zhǔn)。
4、納稅人在納稅年度中間破產(chǎn)或終止生產(chǎn)經(jīng)營活動的，應(yīng)自停止生產(chǎn)經(jīng)營活動之日起30日內(nèi)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理企業(yè)所得稅申報，60日內(nèi)辦理企業(yè)所得稅匯算清繳，并依法計算清算期間的企業(yè)所得稅，結(jié)清應(yīng)繳稅款。
5、納稅人在納稅年度中間發(fā)生合并、分立的，依據(jù)稅收法規(guī)的規(guī)定合并、分立后其納稅人地位發(fā)生變化的，應(yīng)在辦理變更稅務(wù)登記之前辦理企業(yè)所得稅申報，及時進(jìn)行匯算清繳，并結(jié)清稅款；其納稅人的地位不變的，納稅年度可以連續(xù)計算。
（二）匯算清繳程序
1、填寫納稅申報表并附送相關(guān)材料
納稅人于年度終了后四個月內(nèi)以財務(wù)報表為基礎(chǔ)，自行進(jìn)行稅收納稅調(diào)整并填寫年度納稅申報表及其附表〔包括銷售（營業(yè)）收入及其他收入明細(xì)表、成本費(fèi)用明細(xì)表、投資所得（損失）明細(xì)表、納稅調(diào)整增加項目明細(xì)表、納稅調(diào)整減少項目明細(xì)表、稅前彌補(bǔ)虧損明細(xì)表、免稅所得及減免稅明細(xì)表、捐贈支出明細(xì)表、技術(shù)開發(fā)費(fèi)加計扣除明細(xì)表、境外所得稅抵扣計算明細(xì)表廣告費(fèi)支出明細(xì)表、工資薪金和工會經(jīng)費(fèi)等三項經(jīng)費(fèi)明細(xì)表資產(chǎn)折舊、攤銷明細(xì)表、壞賬損失明細(xì)表、事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位收入項目明細(xì)表、事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位支出項目明細(xì)表〕，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理年度納稅申報。納稅人除提供上述所得稅申報及其附表外，并應(yīng)當(dāng)附送以下相關(guān)資料：
（1）財務(wù)、會計年度決算報表及其說明材料。包括資產(chǎn)負(fù)債表、損益表、現(xiàn)金流量表等有關(guān)財務(wù)資料；
（2）與納稅有關(guān)的合同、協(xié)議書及憑證；
�。�3）外出經(jīng)營活動稅收管理證明和異地完稅憑證；
（4）境內(nèi)或者境外公證機(jī)構(gòu)出具的有關(guān)證明文件；
（5）納稅人發(fā)生的應(yīng)由稅務(wù)機(jī)關(guān)審批或備案事項的相關(guān)資料；
�。�6）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要求報送的其他有關(guān)證件、資料。
2、稅務(wù)機(jī)關(guān)受理申請，并審核所報送材料
�。�1）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)接到納稅人或扣繳義務(wù)人報送的納稅申報表或代扣代繳、代收代繳稅款報告表后，經(jīng)審核其名稱、電話、地址、銀行賬號等基本資料后，若發(fā)現(xiàn)應(yīng)由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理的內(nèi)容有變化的，將要求納稅人提供變更依據(jù)；如變更內(nèi)容屬其他部門管理范圍的，則將敦促納稅人到相關(guān)部門辦理變更手續(xù)，并將變更依據(jù)復(fù)印件移交主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。
�。�2）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對申報內(nèi)容進(jìn)行審核，主要審核稅目、稅率和計稅依據(jù)填寫是否完整、正確，稅額計算是否準(zhǔn)確，附送資料是否齊全、是否符合邏輯關(guān)系、是否進(jìn)行納稅調(diào)整等。審核中如發(fā)現(xiàn)納稅人的申報有計算錯誤或有漏項，將及時通知納稅人進(jìn)行調(diào)整、補(bǔ)充、修改或限期重新申報。納稅人應(yīng)按稅務(wù)機(jī)關(guān)的通知作出相應(yīng)的修正。
�。�3）主管稅務(wù)機(jī)關(guān)經(jīng)審核確認(rèn)無誤后，確定企業(yè)當(dāng)年度應(yīng)納所得稅額及應(yīng)當(dāng)補(bǔ)繳的企業(yè)所得稅款，或者對多繳的企業(yè)所得稅款加以退還或抵頂下年度企業(yè)所得稅。
3、主動糾正申報錯誤
納稅人于年度終了后四個月內(nèi)辦理了年度納稅申報后，如果發(fā)現(xiàn)申報出現(xiàn)了錯誤，根據(jù)《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》等法律的相關(guān)規(guī)定：納稅人辦理年度所得稅申報后，在匯繳期內(nèi)稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查之前自行檢查發(fā)現(xiàn)申報不實(shí)的，可以填報《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》向稅務(wù)機(jī)關(guān)主動申報糾正錯誤，稅務(wù)機(jī)關(guān)據(jù)此調(diào)整其全年應(yīng)納所得稅額及應(yīng)補(bǔ)、應(yīng)退稅額。
4、結(jié)清稅款
納稅人根據(jù)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)確定的全年應(yīng)納所得稅額及應(yīng)補(bǔ)、應(yīng)退稅額，年度終了后4個月內(nèi)清繳稅款。納稅人預(yù)繳的稅款少于全年應(yīng)繳稅款的，在4月底以前將應(yīng)補(bǔ)繳的稅款繳入國庫；預(yù)繳稅款超過全年應(yīng)繳稅款的，辦理抵頂或退稅手續(xù)。
5、辦理延期繳納稅款申請
根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》及其《實(shí)施細(xì)則》的相關(guān)規(guī)定，納稅人因有下列特殊困難：
（1）水、火、風(fēng)、雷、海潮、地震等人力不可抗拒的自然災(zāi)害，或者可供納稅的現(xiàn)金、支票以及其他財產(chǎn)等遭遇偷盜、搶劫等意外事故，導(dǎo)致納稅人發(fā)生較大損失，正常生產(chǎn)經(jīng)營活動受到較大影響的。納稅人應(yīng)提供災(zāi)情報告或者公安機(jī)關(guān)出具的事故證明；
�。�2）因國家調(diào)整經(jīng)濟(jì)政策的直接影響，或者短期貨款拖欠，當(dāng)期貨幣資金在扣除應(yīng)付職工工資、社會保險費(fèi)后，不足以繳納稅款的。納稅人應(yīng)提供有關(guān)政策調(diào)整的依據(jù)或提供貨款拖欠情況證明和貨款拖欠方不能按期付款的證明材料。
從而不能按期繳納稅款的，納稅人應(yīng)當(dāng)在繳納稅款期限屆滿前（一般各地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)均規(guī)定應(yīng)當(dāng)在期限屆滿前15日內(nèi)提出，具體請參見各地稅務(wù)局的規(guī)定）向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出申請，并報送下列材料：申請延期繳納稅款報告、當(dāng)期貨幣資金余額情況及所有銀行存款賬戶的對賬單、資產(chǎn)負(fù)債表、應(yīng)付職工工資和社會保險費(fèi)等稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供的支出預(yù)算等。經(jīng)省、自治區(qū)、直轄市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局，或者計劃單列市國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局批準(zhǔn)，可以延期繳納稅款，但最長不得超過三個月。
稅務(wù)機(jī)關(guān)將在自收到申請延期繳納稅款報告之日起20日內(nèi)作出批準(zhǔn)或者不予批準(zhǔn)的決定；若不被批準(zhǔn)，從繳納稅款期限屆滿之日起納稅人將被加收滯納金。