為鼓勵企業(yè)開展研究開發(fā)活動，新《企業(yè)所得稅法》文件明確作出規(guī)定：“企業(yè)開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用計入當(dāng)期損益未形成無形資產(chǎn)的，允許再按其當(dāng)年研發(fā)費用實際發(fā)生額的50%，直接抵扣當(dāng)年的應(yīng)納稅所得額；研發(fā)費用形成無形資產(chǎn)的，按照該無形資產(chǎn)成本的150%在稅前攤銷”。但不是只要研發(fā)費就可以稅前扣除，筆者總結(jié)了以下十種情況，不能享受稅收優(yōu)惠。
這十種情形分別是：
一、財務(wù)核算不健全且不能準確歸集研發(fā)費用的企業(yè)發(fā)生的研發(fā)費不得加計扣除。
二、非創(chuàng)造性運用科技新知識，或非實質(zhì)性改進技術(shù)、工藝、產(chǎn)品（服務(wù)）發(fā)生的研發(fā)費不得加計扣除。
對企業(yè)從事研究開發(fā)活動而發(fā)生的研究開發(fā)費用支出允許加計扣除。
三、不屬于稅法列舉的研發(fā)費用支出不得加計扣除。
企業(yè)從事《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點領(lǐng)域指南（2007年度）》規(guī)定項目的研究開發(fā)活動，其在一個納稅年度中實際發(fā)生的下列費用支出，允許在計算應(yīng)納稅所得額時按照規(guī)定實行加計扣除：
1.新產(chǎn)品設(shè)計費、新工藝規(guī)程制定費以及與研發(fā)活動直接相關(guān)的技術(shù)圖書資料費、資料翻譯費。
2.從事研發(fā)活動直接消耗的材料、燃料和動力費。
3.在職直接從事研發(fā)活動人員的工資、薪金、獎金、津貼和補貼。
4.專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的折舊費和租賃費。
5.專門用于研發(fā)活動的軟件、專利權(quán)、非專利技術(shù)等無形資產(chǎn)的攤銷費用。
6.專門用于中間試驗和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)及制造費。
7.勘探開發(fā)技術(shù)的現(xiàn)場試驗費。
8.研發(fā)成果的論證、評審和驗收費用。
四、委托外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，由委托方按照規(guī)定計算加計扣除，受托方不再加計扣除。
《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）》第6條規(guī)定：“對企業(yè)委托給外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，凡符合條件，由委托方按照規(guī)定計算加計扣除，受托方不得再進行加計扣除。”
五、委托外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，對委托開發(fā)的項目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項目的費用支出明細情況，否則，該委托開發(fā)項目的費用支出不得實行加計扣除。
六、納稅人未按規(guī)定報備的開發(fā)項目研發(fā)費用不得享受加計扣除的優(yōu)惠政策。
企業(yè)必須對研究開發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）》附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額。企業(yè)應(yīng)于年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務(wù)機關(guān)報送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料。
企業(yè)在一個納稅年度內(nèi)進行多個研究開發(fā)活動，應(yīng)按照不同開發(fā)項目分別歸集可加計扣除的研究開發(fā)費用金額。對納稅人申報的研究開發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研究開發(fā)費用加計扣除。也就是說，研究開發(fā)費用的減免屬于備案式減免，納稅人未按規(guī)定報備不得享受加計扣除的優(yōu)惠政策。
七、企業(yè)集中研究開發(fā)的項目的研發(fā)費應(yīng)在受益集團成員公司間進行合理分攤，各公司申請加計扣除時，應(yīng)向稅務(wù)機關(guān)依法提供協(xié)議或合同，對不提供協(xié)議或合同的，研發(fā)費不得加計扣除。
企業(yè)集團根據(jù)生產(chǎn)經(jīng)營和科技開發(fā)的實際情況，對技術(shù)要求高、投資數(shù)額大，需要由集團公司進行集中開發(fā)的研究開發(fā)項目，其實際發(fā)生的研究開發(fā)費，可以按照合理的分攤方法在受益集團成員間進行分攤。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費的，企業(yè)集團應(yīng)提供集中研究開發(fā)項目的協(xié)議和合同，該協(xié)議或合同應(yīng)明確規(guī)定參與各方在該研究開發(fā)項目中的權(quán)利和義務(wù)、費用分攤方法等內(nèi)容。
如不提供協(xié)議或合同，研究開發(fā)費不得加計扣除。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費，應(yīng)當(dāng)按照權(quán)利和義務(wù)、費用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發(fā)費用分攤方法。企業(yè)集團采取合理分攤研究開發(fā)費用，企業(yè)集團母公司負責(zé)編制集中研究開發(fā)項目的立項書、研究開發(fā)費用預(yù)算表、決算表和決算分攤表。
八、研究開發(fā)費用劃分不清的，不得享受加計扣除。
企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機構(gòu)或企業(yè)研發(fā)機構(gòu)同時承擔(dān)生產(chǎn)經(jīng)營任務(wù)的，應(yīng)對研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用分開進行核算，準確、合理地計算各項研究開發(fā)費用支出，對劃分不清的，不得實行加計扣除。
九、超過5年仍未加計扣除的研發(fā)費用，不再繼續(xù)扣除。
根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第18條規(guī)定：“企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準予向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)，用以后年度的所得彌補，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。”《企業(yè)所得稅實施條例》第10條規(guī)定“《企業(yè)所得稅法》第5條所稱虧損，是指企業(yè)依照企業(yè)所得稅和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數(shù)額。”由此可見，企業(yè)不論當(dāng)期是否虧損，都應(yīng)當(dāng)按實際發(fā)生的研究開發(fā)費用依法加計扣除。研究開發(fā)費用加計扣除后如果當(dāng)期的應(yīng)納稅所得額小于零，可以用以后年度實現(xiàn)的所得彌補，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。但當(dāng)企業(yè)連續(xù)5年仍未彌補完的，不論未彌補完的是加計扣除還是非加計扣除所產(chǎn)生的虧損，均不允許繼續(xù)彌補。
十、法律、行政法規(guī)和國家稅務(wù)總局規(guī)定不允許在企業(yè)所得稅前扣除的費用和支出項目，均不得計入研發(fā)費用。
如《企業(yè)所得稅法實施條例》第28條規(guī)定："企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費用或者財產(chǎn)，不得扣除或者計算對應(yīng)的折舊、攤銷扣除。"如果企業(yè)用財政撥款（財政撥款屬于不征稅收入）用于研究開發(fā)費用的支出，在企業(yè)所得稅上是不允許扣除的，相應(yīng)也不得享受加計扣除優(yōu)惠政策。