隨著新疆經(jīng)濟(jì)社會(huì)的不斷發(fā)展，尤其是為貫徹中央新疆經(jīng)濟(jì)工作座談會(huì)提出的新疆經(jīng)濟(jì)跨越式發(fā)展和長(zhǎng)治久安的戰(zhàn)略目標(biāo)，各單位、各部門(mén)逐步加強(qiáng)了內(nèi)部審計(jì)工作，對(duì)規(guī)范管理、提高效益、維護(hù)財(cái)政經(jīng)濟(jì)秩序、加強(qiáng)廉政建設(shè)、促進(jìn)改革開(kāi)放和經(jīng)濟(jì)健康發(fā)展發(fā)揮了重要作用。截至2009年底，全疆從市內(nèi)部審計(jì)工作的專(zhuān)（兼）職審計(jì)人員隊(duì)伍已成為加強(qiáng)各單位內(nèi)部監(jiān)督，規(guī)范內(nèi)部管理的一支重要力量。

    為加強(qiáng)對(duì)內(nèi)部審計(jì)工作的管理，理順內(nèi)部審計(jì)管理機(jī)制，審計(jì)廳黨組為貫徹《中華人民共和國(guó)審計(jì)法》和《中華人民共和國(guó)審計(jì)法實(shí)施條例》，結(jié)合新疆內(nèi)部審計(jì)工作發(fā)展需求，向新疆維吾爾自治區(qū)“三定”評(píng)估檢查組提出增設(shè)內(nèi)部審計(jì)管理處的建議，并專(zhuān)題上報(bào)了增設(shè)機(jī)構(gòu)的請(qǐng)示，得到了自治區(qū)領(lǐng)導(dǎo)和相關(guān)部門(mén)的高度重視和大力支持。在增加編制十分困難的情況下，于2010年12月3日，由新疆維吾爾自治區(qū)機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)正式下文同意審計(jì)廳增設(shè)內(nèi)部審計(jì)管理處，并明確了主要職責(zé)，進(jìn)一步加強(qiáng)了審計(jì)機(jī)關(guān)對(duì)內(nèi)審機(jī)構(gòu)的指導(dǎo)、監(jiān)督、管理和服務(wù)力度，充分發(fā)揮內(nèi)部審計(jì)“免疫系統(tǒng)”功能的作用。