“十一五”期間，特別是在全國(guó)及全區(qū)科技大會(huì)召開(kāi)之后，自治區(qū)黨委、政府做出了建設(shè)創(chuàng)新型內(nèi)蒙古，加大科技投入的決定，自治區(qū)本級(jí)財(cái)政大幅度加大了對(duì)科技投入的力度，應(yīng)用技術(shù)研究與開(kāi)發(fā)資金在穩(wěn)步增長(zhǎng)基礎(chǔ)上，2007年新設(shè)立自治區(qū)科技創(chuàng)新引導(dǎo)獎(jiǎng)勵(lì)資金，采取無(wú)償補(bǔ)助和有償支持相結(jié)合的支持方式對(duì)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化項(xiàng)目給予支持，使自治區(qū)本級(jí)科技專(zhuān)項(xiàng)資金從2006年的8937萬(wàn)元增加到2009年的38861萬(wàn)元，增幅達(dá)到335%。

　　其中：應(yīng)用技術(shù)研究與開(kāi)發(fā)資金（科技三項(xiàng)費(fèi)）從2006年的8937增加到2009年的18561萬(wàn)元，增幅108%；

　　科技創(chuàng)新引導(dǎo)獎(jiǎng)勵(lì)資金從2007年新設(shè)立投入的11063萬(wàn)元，增加到2008年的16243萬(wàn)元和2009年的18000萬(wàn)元，其中三年用于無(wú)償補(bǔ)助資金25306萬(wàn)元，有償支持資金20000萬(wàn)元；

　　另外，自治區(qū)財(cái)政改變了以往自然科學(xué)基金和知識(shí)產(chǎn)權(quán)專(zhuān)項(xiàng)資金裹在應(yīng)用技術(shù)研究與開(kāi)發(fā)資金的管理模式，從2008年開(kāi)始將自然科學(xué)基金和知識(shí)產(chǎn)權(quán)專(zhuān)項(xiàng)資金單獨(dú)列為預(yù)算，每年分別投入1000萬(wàn)元和500萬(wàn)元。