1. 建立公積金賬目。由于歸集賬戶屬于單位賬戶，財務(wù)核算應(yīng)該如實反映單位的全面財務(wù)情況，因此，歸集賬戶應(yīng)當進行會計核算。防止資金從結(jié)算戶劃出后不再過問的現(xiàn)象發(fā)生，但是該項資金又不像單位的其他資金一樣，可以自行支配和使用，歸集賬戶資金的核算具有其獨特之處，資金的動用必須滿足國家和地方的有關(guān)規(guī)定，因此，歸集賬戶的會計核算可以與單位的核算合并處理。
2. 賬套的設(shè)置。從業(yè)務(wù)看，一方面既要反映單位銀行存款的變動，一方面也要反映職工個人賬戶資金的變動。
當單位從結(jié)算賬戶劃款到歸集賬戶時，從職工個人工資代扣部分借記“其他應(yīng)付款——代扣個人住房公積金”，單位記入費用的部分，借記“管理費用一社會保障費”（行政事業(yè)單位記入“事業(yè)支出”等），貸記“銀行存款——結(jié)算賬號”；當銀行根據(jù)單位提供的繳款通知書將歸集賬戶資金劃撥到個人賬戶時，單位借記“銀行存款——歸集賬號”，貸記“其他應(yīng)付款——個人賬戶”；
職工由外單位轉(zhuǎn)入時，依據(jù)銀行提供的結(jié)算單，單位借記“銀行存款——歸集賬戶”，貸記“其他應(yīng)付款——個人賬號”
職工轉(zhuǎn)出時，依據(jù)銀行提供的結(jié)算單，借記“其他應(yīng)付款——個人賬戶”，貸記“銀行存款——歸集賬號”
按照政策規(guī)定，職工個人使用住房公積金時，依據(jù)銀行出具的結(jié)算單，單位借記“其他應(yīng)付款——個人賬戶”，貸記“銀行存款——歸集賬戶”。
結(jié)算利息時，依據(jù)銀行提供的利息單，借記“銀行存款——歸集賬戶”，貸記“其他應(yīng)付款——個人賬戶”
期末“銀行存款——歸集賬戶”和“其他應(yīng)付款——個人賬戶”總量余額是相等的。單位可以通過以上核算過程，全面反映單位以及職工住房公積金業(yè)務(wù)的過程，從而實現(xiàn)會計反映單位經(jīng)濟事項的真實性和完整性。
3. 有關(guān)公積金年度與計算基礎(chǔ)。目前的公積金年度為每年7月1日至次年6月30日，然而預(yù)算單位的撥款年度為每年的1月1日至次年的12月31日，各地在公積金年度開始時，還要調(diào)整公積金具體的計提比例。這樣一方面會形成預(yù)算單位住房公積金撥款預(yù)算、決算的不一致性，另一方面由于工資調(diào)整往往發(fā)生在下半年，以及年度獎金因素，也會造成職工年度工資等個人所得與公積金不成比例。為改變該類問題的發(fā)生，可以采用單位個人所得稅計稅所得額來確定住房公積金的扣繳，防止發(fā)生同樣是職工的交扣事項，計算基礎(chǔ)卻各式各樣、五花八門的問題。公積金年度與公積金計算基礎(chǔ)的調(diào)整和一致與否，不影響單位公積金賬目的設(shè)立和核算。
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