國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問題的補充通知》（國稅函[2009]255號）規(guī)定，列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠包括免稅收入、定期減免稅、優(yōu)惠稅率、加計扣除、抵扣應(yīng)納稅所得額、加速折舊、減計收入、稅額抵免和其他專項優(yōu)惠政策。除國務(wù)院明確的企業(yè)所得稅過渡類優(yōu)惠政策、執(zhí)行新稅法后繼續(xù)保留執(zhí)行的原企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策、新的《企業(yè)所得稅法》第二十九條規(guī)定的民族自治地方企業(yè)減免稅優(yōu)惠政策，以及國務(wù)院另行規(guī)定實行審批管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策外，其他各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，均實行備案管理。按照此項規(guī)定，加計扣除就屬于列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的項目，應(yīng)實行備案管理。
文件還規(guī)定，備案管理的具體方式分為事先備案和事后報送相關(guān)資料兩種。列入事先備案的稅收優(yōu)惠，納稅人應(yīng)向稅務(wù)機關(guān)報送相關(guān)資料，提請備案，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)登記備案后執(zhí)行。對需要事先向稅務(wù)機關(guān)備案而未按規(guī)定備案的，納稅人不得享受稅收優(yōu)惠；經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審核不符合稅收優(yōu)惠條件的，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)書面通知納稅人不得享受稅收優(yōu)惠。
所以，研發(fā)費用加計扣除作為稅收優(yōu)惠，只能在當(dāng)年年度申報時備案享受，年度匯算清繳期過后則不能再做加計扣除。