問題內(nèi)容：新辦物流企業(yè)由于資源與地方規(guī)定自開票有差距，代開發(fā)票由主管地方稅務機關按發(fā)票金額3.3預征所得稅，國稅規(guī)定我們實行查賬征收、需要按季按25%稅率征收所得稅、并當期不得抵減開具發(fā)票時已向地稅機關已預交3.3的所得稅、有法律依據(jù)嗎？我們認為向國稅機關申報所得稅時應當將向地稅機關預交的3.3%所得稅作為國稅申報時的已經(jīng)預交數(shù)進行抵減、年終進行匯算清繳才符合稅法的立法原則，請問相關法律依據(jù)級規(guī)定。
回復意見：根據(jù)《國家稅務總局關于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]第088號）文件的規(guī)定：四、關于貨運發(fā)票開具問題（一）按代開票納稅人管理的所有單位和個人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個人），凡按規(guī)定應當征收營業(yè)稅，在代開貨物運輸業(yè)發(fā)票時一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費。同時按開票金額3.3%預征所得稅，預征的所得稅年終時進行清算。但代開票納稅人實行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進行所得稅清算。
因此，貴公司代開發(fā)票時預征的所得稅在年終時進行清算。
上述回復僅供參考。有關具體辦理程序方面的事宜請直接向您的主管或所在地稅務機關咨詢。