一是處理好農業(yè)綜合開發(fā)項目立項與區(qū)域經濟發(fā)展規(guī)劃的關系。在農業(yè)綜合開發(fā)項目選擇上，要切實加強與主體功能區(qū)規(guī)劃、經濟社會發(fā)展規(guī)劃，特別是工業(yè)開發(fā)區(qū)設置、重點區(qū)域發(fā)展戰(zhàn)略、村鎮(zhèn)建設布局、千億斤糧食生產能力規(guī)劃等的銜接。

　　二是處理好爭取中央財政支持與增加地方投入的關系。既要適應中央政策的調整變化，努力爭取中央財政支持又要積極調整支出結構，足額落實農業(yè)綜合開發(fā)配套資金。

　　三是處理好資金項目管理主體與工程實施主體的關系。要明確職能、厘清責任，把職責范圍限定在資金保障、項目監(jiān)管和服務上，農發(fā)辦是資金項目監(jiān)管的主體，而項目具體組織實施的責任主體（項目法人），則應由縣鄉(xiāng)政府、農業(yè)產業(yè)化龍頭企業(yè)、農民專業(yè)合作社、農業(yè)綜合開發(fā)項目工程建設指揮部來承擔。

　　四是處理好農業(yè)綜合開發(fā)與其他涉農工作的關系。農發(fā)部門要加強與各涉農部門的協(xié)調配合，積極探索建立市場經濟條件下多部門聯(lián)合參與農業(yè)綜合開發(fā)的有效形式和機制，拓寬聯(lián)系渠道，努力形成工作合力。