一是建立制度化長效管理機制。制定《財政專項資金結余管理暫行辦法》和《部門專項資金結余管理暫行辦法》，明確專項資金清理的指導思想和原則、資金范圍、管理辦法、具體措施及工作步驟等，使結余資金清理常態(tài)化。

　　二是建立預算與決算聯(lián)動機制。在上級補助項目使用情況的考核條款中，結余情況與本級財政配套資金或該單位其他項目資金相掛鉤，上級補助項目實施進度緩慢或結余比例高的，減少配套資金，少安排、甚至不安排其他項目資金。針對未發(fā)生支出項目數(shù)量較多的情況，實施項目資金預算指標、用款計劃和實際支出情況的聯(lián)動預警、考核措施。

　　三是建立結余分配管理機制。按財政管理體制的不同，財政部門對所撥付的專項資金區(qū)別對待，對專項資金的管理一般有節(jié)余上繳、節(jié)余留用、節(jié)余滾存下年使用等方式，從制度上建立一套統(tǒng)一明確的管理制度，強化對專項資金的日常監(jiān)督和管理。