近日，《財政部、國家稅務(wù)總局、中國人民銀行關(guān)于印發(fā)〈跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理辦法〉的通知》（財預(yù)〔2012〕40號，以下簡稱新辦法）下發(fā)，就跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理辦法進(jìn)行明確。該文件自2013年1月1日起執(zhí)行。新辦法與《財政部、國家稅務(wù)總局、中國人民銀行關(guān)于印發(fā)〈跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法〉的通知》（財預(yù)〔2008〕10號，以下簡稱原辦法）相比，主要有以下5個變化。
“三因素”確認(rèn)的時間不同
原辦法規(guī)定，總機構(gòu)在每月或每季終了之日起十日內(nèi)，按照以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各省市分支機構(gòu)的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額三個因素，將統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅額的50%在各分支機構(gòu)之間進(jìn)行分?jǐn)偅ǹ倷C構(gòu)所在省市同時設(shè)有分支機構(gòu)的，同樣按三個因素分?jǐn)偅?/p>
新辦法規(guī)定，總機構(gòu)在每月或每季終了之日起十日內(nèi)，按照上年度各省市分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素，將統(tǒng)一計算的企業(yè)當(dāng)期應(yīng)納稅額的50%在各分支機構(gòu)之間進(jìn)行分?jǐn)偅ǹ倷C構(gòu)所在省市同時設(shè)有分支機構(gòu)的，同樣按三個因素分?jǐn)偅?/p>
按照新辦法，三因素（營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額）由原辦法規(guī)定的按以前年度改由按上年度來確定。同時，將原辦法的經(jīng)營收入改為新辦法的營業(yè)收入，但該收入的界定范圍沒有發(fā)生改變。新辦法僅是明確讓渡資產(chǎn)使用權(quán)收入應(yīng)計入營業(yè)收入，金融機構(gòu)的營業(yè)收入范圍包括傭金收入。
匯總清算方式改變
原辦法規(guī)定，各分支機構(gòu)不進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳，統(tǒng)一由總機構(gòu)按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行�？倷C構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)根據(jù)匯總計算的企業(yè)年度全部應(yīng)納稅額，扣除總機構(gòu)和各境內(nèi)分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，多退少補。補繳的稅款由總機構(gòu)全額就地繳入中央國庫，不實行與總機構(gòu)所在地分享。多繳的稅款由總機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)開具收入退還書并按規(guī)定辦理退庫。
新辦法規(guī)定，企業(yè)總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各境內(nèi)分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計算出應(yīng)補應(yīng)退稅款，分別由總機構(gòu)和各分支機構(gòu)（不包括當(dāng)年已辦理注銷稅務(wù)登記的分支機構(gòu)）就地辦理稅款繳庫或退庫。補繳的稅款按照預(yù)繳的分配比例，50%由各分支機構(gòu)就地辦理繳庫。多繳的稅款按照預(yù)繳的分配比例，50%由各分支機構(gòu)就地辦理退庫。
按照新辦法，年度匯算清繳時，確定補退稅的方式也發(fā)生了改變。與原辦法規(guī)定，由總機構(gòu)向總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)辦理改為由總機構(gòu)和各分支機構(gòu)就地辦理補退稅。
稅款繳庫程序改變
原辦法規(guī)定，總機構(gòu)進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳，按照匯總計算的企業(yè)年度全部應(yīng)納稅額，扣除總機構(gòu)和各境內(nèi)分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，確定應(yīng)繳應(yīng)退稅款。補繳的稅款由總機構(gòu)全額繳入中央國庫，多繳的稅款由總機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)按規(guī)定辦理退庫。因此，對于企業(yè)所得稅匯算清繳結(jié)清的應(yīng)繳應(yīng)退稅款，是由總機構(gòu)辦理申報，分支機構(gòu)只需辦理預(yù)繳申報。
原辦法的預(yù)繳稅款繳庫程序規(guī)定為：分支機構(gòu)分?jǐn)偟念A(yù)繳稅款由分支機構(gòu)辦理就地入庫，總機構(gòu)就地預(yù)繳稅款和總機構(gòu)預(yù)繳中央國庫稅款由總機構(gòu)合并辦理就地繳庫。
新辦法規(guī)定，分支機構(gòu)分?jǐn)偟念A(yù)繳稅款、匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款）由分支機構(gòu)辦理就地繳庫�？倷C構(gòu)就地預(yù)繳、匯算補繳、查補稅款（包括滯納金和罰款）由總機構(gòu)合并辦理就地繳庫。多繳的稅款由分支機構(gòu)和總機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)開具收入退還書并按規(guī)定辦理退庫。
由于新辦法改變了匯總清算方式，新辦法除了規(guī)定預(yù)繳稅款，還規(guī)定了匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款）的繳庫程序以及多繳稅款的退庫程序。
按照新辦法規(guī)定，分機構(gòu)和總機構(gòu)涉及的匯算補繳稅款、查補稅款（包括滯納金和罰款），多繳稅款，應(yīng)分別向分支機構(gòu)和總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)辦理。
新辦法增加預(yù)算科目
原辦法對《2008年政府收支分類科目》101類“稅收收入”有關(guān)科目作如下修訂：（一）在10104款“企業(yè)所得稅”新增40項“分支機構(gòu)預(yù)繳所得稅”、41項“總機構(gòu)預(yù)繳所得稅”、42項“總機構(gòu)匯算清繳所得稅”、43項“企業(yè)所得稅待分配收入”和相關(guān)目級科目。（二）在10105款“企業(yè)所得稅退稅”增設(shè)35項“跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅退稅”。
新辦法在政府收支分類科目中增設(shè)1010449項“分支機構(gòu)匯算清繳所得稅”科目，其下設(shè)01目“國有企業(yè)分支機構(gòu)匯算清繳所得稅”、02目“股份制企業(yè)分支機構(gòu)匯算清繳所得稅”、03目“港澳臺和外商投資企業(yè)分支機構(gòu)匯算清繳所得稅”、99目“其他企業(yè)分支機構(gòu)匯算清繳所得稅”。
條款順序微調(diào)
新辦法將原辦法第五條匯總清算改為第四條，原辦法第四條改為新辦法第五條。
另外，新辦法對不實行匯總納稅的跨省市總分機構(gòu)列出了具體名單，與原辦法規(guī)定相比，排除鐵路運輸企業(yè)（包括廣鐵集團(tuán)和大秦鐵路（601006，股吧）公司），新增加中國長江電力（600900，股吧）股份有限公司。
需要注意的是，財預(yù)〔2012〕12號文件針對的是跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅收入的征繳和分配管理問題，對于非跨省市總分機構(gòu)，仍應(yīng)按企業(yè)所在省市規(guī)定的辦法執(zhí)行。此外，自2013年1月1日起執(zhí)行的新辦法廢止了原辦法，而《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕28號）文件是根據(jù)原辦法制訂的。所以，國稅發(fā)〔2008〕28號文件很可能將被修改或廢止后重新發(fā)布。也就是說，2012年將繼續(xù)執(zhí)行原辦法和國稅發(fā)〔2008〕28號文件，自2013年1月1日起，跨省市總分機構(gòu)所得稅分配及預(yù)算辦法將發(fā)生改變，企業(yè)應(yīng)及時關(guān)注政策的變化，以便正確進(jìn)行企業(yè)所得稅申報。
