為規(guī)范研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備退稅管理，國家稅務總局于日前制定了《研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備退稅管理辦法》（國家稅務總局公告2011年第73號），自2011年1月1日至2015年12月31日施行。
辦法要求，享受采購國產(chǎn)設備退稅的研發(fā)機構(gòu)，應在申請辦理退稅前持規(guī)定資料向主管退稅稅務機關(guān)申請辦理采購國產(chǎn)設備的退稅認定手續(xù)：企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照副本及組織機構(gòu)代碼證（原件及復印件）；稅務登記證副本（原件及復印件）；退稅賬戶證明；稅務機關(guān)要求提供的其他資料。辦法下發(fā)前已辦理出口退稅認定手續(xù)的，不再辦理采購國產(chǎn)設備的退稅認定手續(xù)。
研發(fā)機構(gòu)發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷以及其他依法應終止采購國產(chǎn)設備退稅事項的，應持相關(guān)證件、資料向其主管退稅稅務機關(guān)辦理注銷認定手續(xù)。已辦理采購國產(chǎn)設備退稅認定的研發(fā)機構(gòu)，其認定內(nèi)容發(fā)生變化的，須自有關(guān)管理機關(guān)批準變更之日起30日內(nèi)，持相關(guān)證件、資料向其主管退稅稅務機關(guān)辦理變更認定手續(xù)。
研發(fā)機構(gòu)應自購買國產(chǎn)設備取得的增值稅專用發(fā)票開具之日起180日內(nèi)，向其主管退稅稅務機關(guān)報送《研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備退稅申報審核審批表》申請退稅，逾期不得申報。申請退稅時，附送：采購國產(chǎn)設備合同；增值稅專用發(fā)票（抵扣聯(lián)）；付款憑證；稅務機關(guān)要求提供的其他資料。屬于增值稅一般納稅人的研發(fā)機構(gòu)購進國產(chǎn)設備取得的增值稅專用發(fā)票，應在規(guī)定的認證期限內(nèi)辦理認證手續(xù)。未認證或認證未通過的不得申報退稅。
對屬于增值稅一般納稅人的研發(fā)機構(gòu)的退稅申請，主管退稅稅務機關(guān)必須在增值稅專用發(fā)票稽核信息核對無誤的情況下，辦理退稅。對屬于非增值稅一般納稅人研發(fā)機構(gòu)的退稅申請，主管退稅稅務機關(guān)必須發(fā)函調(diào)查，在確認增值稅專用發(fā)票真實、發(fā)票所列設備已按規(guī)定申報納稅后，方可辦理退稅。
采購國產(chǎn)設備的應退稅額，按增值稅專用發(fā)票上注明的稅額確定。凡企業(yè)未全額支付所購設備貨款的，按已付款比例和增值稅專用發(fā)票上注明的稅額確定應退稅款；未付款部分的相應稅款，待企業(yè)實際支付貨款后再予退稅。
研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備取得的增值稅專用發(fā)票已申報抵扣的，不得申報退稅。已申報退稅的增值稅專用發(fā)票，研發(fā)機構(gòu)不得再申報進項稅額抵扣。
研發(fā)機構(gòu)已退稅的國產(chǎn)設備，由主管退稅稅務機關(guān)進行監(jiān)管，監(jiān)管期為5年。監(jiān)管期的起始時間以增值稅專用發(fā)票開具日期為準。監(jiān)管期內(nèi)發(fā)生設備所有權(quán)轉(zhuǎn)移行為或移作他用等行為的，研發(fā)機構(gòu)必須按以下計算公式，向主管退稅稅務機關(guān)補繳已退稅款。
應補稅款＝增值稅專用發(fā)票上注明的金額×（設備折余價值÷設備原值）×適用增值稅稅率
設備折余價值＝設備原值－累計已提折舊
設備原值和已提折舊按所得稅法規(guī)定的辦法計算。
研發(fā)機構(gòu)以假冒采購國產(chǎn)設備退稅資格、既申報抵扣又申報退稅、虛構(gòu)采購國產(chǎn)設備業(yè)務、提供虛假退稅申報資料等手段騙取國產(chǎn)設備退稅款的，按照有關(guān)法律、法規(guī)處理。
辦法明確，對該辦法下發(fā)前，研發(fā)機構(gòu)已取得的增值稅專用發(fā)票，準予在2012年4月30日前申報退稅，主管退稅稅務機關(guān)按辦法規(guī)定，辦理退稅；研發(fā)機構(gòu)已取得的納入增值稅防偽稅控系統(tǒng)的增值稅普通發(fā)票，準予在2012年4月30日前申報退稅，主管退稅稅務機關(guān)在函調(diào)確認增值稅普通發(fā)票真實、發(fā)票所列設備已按規(guī)定申報納稅后，辦理退稅。對按商資發(fā)[2010]93號文件規(guī)定已認定的外資研發(fā)中心，其采購的國產(chǎn)設備適用該辦法，不需重新認定。
