行政事業(yè)單位建立與實施內(nèi)部控制的主要原則有以下幾個方面：
1.全面性原則
內(nèi)部控制應當貫穿決策、執(zhí)行和監(jiān)督全過程，覆蓋企業(yè)及其所屬單位的各種業(yè)務和事項。因為，在內(nèi)部控制程序的所有環(huán)節(jié)中，有一個環(huán)節(jié)沒有發(fā)揮作用，所有起作用的環(huán)節(jié)，也會變得無用。
2.重要性原則
內(nèi)部控制應當在全面控制的基礎上，關(guān)注重要業(yè)務事項和高風險領域。行業(yè)、規(guī)模、性質(zhì)、所處地域、組織形式等不同，高風險領域不同。內(nèi)部控制不能防范所有風險，但要關(guān)注重要業(yè)務事項和高風險領域，防范顛覆性風險。
3.制衡性原則
內(nèi)部控制應當在治理結(jié)構(gòu)、機構(gòu)設置及權(quán)責分配、業(yè)務流程等方面形成相互制約、相互監(jiān)督，同時兼顧運營效率。內(nèi)部控制的核心思想是權(quán)力平衡，制約對象是權(quán)力，權(quán)力分配合理，約束適當是內(nèi)部控制的難點。內(nèi)部控制過于復雜會影響效率，風險大的業(yè)務，首先是防范風險，其次才是兼顧運營效率。
4.適應性原則
內(nèi)部控制應當與行政事業(yè)單位的規(guī)模、競爭狀況和風險水平等相適應，并隨著情況的變化及時加以調(diào)整。內(nèi)部控制不能拷貝，也不能克隆。別人的成功經(jīng)驗，拿過來不一定能用。行政事業(yè)單位發(fā)展的不同階段、外部環(huán)境的變化、戰(zhàn)略目標的調(diào)整等，內(nèi)部控制要隨之變動。
5.成本效益原則
內(nèi)部控制應當權(quán)衡實施成本與預期效益，以適當?shù)某杀緦崿F(xiàn)有效控制。
內(nèi)部控制的設計和運行受制于成本與效益原則。成本小于效益，是任何理性的管理活動都必須遵循的法則。
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