國(guó)務(wù)院總理溫家寶26日主持召開(kāi)國(guó)務(wù)院常務(wù)會(huì)議，會(huì)議決定，從2012年1月1日起，在部分地區(qū)和行業(yè)開(kāi)展深化增值稅制度改革試點(diǎn)，逐步將目前征收營(yíng)業(yè)稅的行業(yè)改為征收增值稅。（一）先在上海市交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)等開(kāi)展試點(diǎn)，條件成熟時(shí)可選擇部分行業(yè)在全國(guó)范圍進(jìn)行試點(diǎn)。（二）在現(xiàn)行增值稅17%標(biāo)準(zhǔn)稅率和13%低稅率基礎(chǔ)上，新增11%和6%兩檔低稅率。(三)試點(diǎn)期間原歸屬試點(diǎn)地區(qū)的營(yíng)業(yè)稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點(diǎn)地區(qū)。試點(diǎn)行業(yè)原營(yíng)業(yè)稅優(yōu)惠政策可以延續(xù)，并根據(jù)增值稅特點(diǎn)調(diào)整。納入改革試點(diǎn)的納稅人繳納的增值稅可按規(guī)定抵扣。
自從，長(zhǎng)期困擾運(yùn)輸業(yè)的營(yíng)業(yè)稅重復(fù)納稅問(wèn)題得到根本上的解決。但是，在問(wèn)題解決的同時(shí)，新的稅收征管問(wèn)題也浮出水面。
運(yùn)輸業(yè)稅率該多少？
增值稅稅改擴(kuò)容后，上海地區(qū)的運(yùn)輸業(yè)稅率該是多少哪？按國(guó)務(wù)院的規(guī)定，增值稅稅改擴(kuò)容后增加11%和6%兩檔稅率，可見(jiàn)，運(yùn)輸業(yè)的稅率不是11%就是6%�？紤]到目前，企業(yè)取得非試點(diǎn)地區(qū)運(yùn)輸企業(yè)開(kāi)具的運(yùn)輸業(yè)專(zhuān)業(yè)發(fā)票可以按7%計(jì)算抵扣額，那么，上海地區(qū)的運(yùn)輸業(yè)稅率就應(yīng)該高于7%，因此，我們可以推論，上海地區(qū)運(yùn)輸業(yè)的增值稅適用稅率應(yīng)該是11%。
汽車(chē)、輪船和飛機(jī)如何抵扣？
增值稅稅改擴(kuò)容后，上海地區(qū)的運(yùn)輸業(yè)需要繳納增值稅，相應(yīng)的其獲得的進(jìn)項(xiàng)稅可以抵扣。對(duì)于運(yùn)輸企業(yè)來(lái)說(shuō)，除房地產(chǎn)外，其主要有價(jià)值的固定資產(chǎn)就是汽車(chē)、輪船和飛機(jī)等運(yùn)輸工具，這些運(yùn)輸工具的進(jìn)項(xiàng)稅是否可以抵扣？如何抵扣？
汽車(chē)、輪船和飛機(jī)等運(yùn)輸工具其價(jià)值相對(duì)較高，尤其是輪船和飛機(jī)，如果允許其一次性抵扣進(jìn)項(xiàng)稅，那么這些運(yùn)輸企業(yè)估計(jì)幾年內(nèi)都不需要繳納增值稅了。如果平均按一定年限，比如折舊年限來(lái)抵扣，那么這些進(jìn)項(xiàng)稅就無(wú)法直接納入防偽稅控系統(tǒng)，必須依靠企業(yè)的會(huì)計(jì)系統(tǒng)，或者稅務(wù)機(jī)關(guān)單獨(dú)建立一個(gè)稅控系統(tǒng)才能很好的控制，這無(wú)疑很大的提高了稅收征管成本。
考慮到擁有輪船和飛機(jī)的運(yùn)輸企業(yè)多是大型企業(yè)，企業(yè)內(nèi)部控制相對(duì)健全，會(huì)計(jì)核算系統(tǒng)相對(duì)嚴(yán)密，依靠企業(yè)會(huì)計(jì)核算系統(tǒng)分次分期抵扣進(jìn)項(xiàng)稅相對(duì)容易控制。而擁有汽車(chē)的運(yùn)輸企業(yè)很多都是相對(duì)規(guī)模較小，如果單獨(dú)依靠企業(yè)會(huì)計(jì)核算系統(tǒng)控制分次分期抵扣進(jìn)項(xiàng)稅，則無(wú)疑較大提高了對(duì)企業(yè)會(huì)計(jì)核算水平的要求；如果建立一套單獨(dú)的稅控系統(tǒng)來(lái)控制，則征管成本相對(duì)比較高。因此，允許汽車(chē)等價(jià)值較小的固定資產(chǎn)一次性抵扣，而輪船飛機(jī)等價(jià)值較大的固定資產(chǎn)分次分期抵扣進(jìn)項(xiàng)稅是個(gè)比較合理的選擇。
港口和倉(cāng)儲(chǔ)費(fèi)用抵扣
運(yùn)輸企業(yè)在經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)中必然發(fā)生港口和倉(cāng)儲(chǔ)等支出，這部分支出如何抵扣？如果將港口和倉(cāng)儲(chǔ)等經(jīng)營(yíng)單位列入現(xiàn)代服務(wù)業(yè)，其適用稅率很可能為6%，而運(yùn)輸企業(yè)很可能適用稅率為11%，那么其差額5%就是運(yùn)輸企業(yè)實(shí)際負(fù)擔(dān)的部分理論稅負(fù)（實(shí)際稅負(fù)可能低于5%，因?yàn)檫\(yùn)輸企業(yè)的固定資產(chǎn)和油料等獲得的進(jìn)項(xiàng)稅稅率是17%）。但是，如果運(yùn)輸企業(yè)支付給非試點(diǎn)地區(qū)的港口和倉(cāng)儲(chǔ)等單位的支出，因?yàn)闊o(wú)法獲得進(jìn)項(xiàng)稅，而稅負(fù)則相對(duì)可能提高。
輪船和飛機(jī)的保險(xiǎn)費(fèi)
目前看，金融業(yè)納入現(xiàn)代服務(wù)業(yè)征收增值稅的可能性比較低，而對(duì)于航運(yùn)和空運(yùn)企業(yè)來(lái)說(shuō)，運(yùn)輸工具本身的保險(xiǎn)費(fèi)和運(yùn)輸業(yè)務(wù)的保險(xiǎn)費(fèi)都是比較大的支出，這部分支出無(wú)法獲得進(jìn)項(xiàng)稅抵扣，對(duì)于航運(yùn)和空運(yùn)企業(yè)來(lái)說(shuō)是個(gè)比較大的問(wèn)題。