國務院總理溫家寶26日主持召開國務院常務會議，會議決定，從2012年1月1日起，在部分地區(qū)和行業(yè)開展深化增值稅制度改革試點，逐步將目前征收營業(yè)稅的行業(yè)改為征收增值稅。（一）先在上海市交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務業(yè)等開展試點，條件成熟時可選擇部分行業(yè)在全國范圍進行試點。（二）在現(xiàn)行增值稅17%標準稅率和13%低稅率基礎(chǔ)上，新增11%和6%兩檔低稅率。(三)試點期間原歸屬試點地區(qū)的營業(yè)稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區(qū)。試點行業(yè)原營業(yè)稅優(yōu)惠政策可以延續(xù)，并根據(jù)增值稅特點調(diào)整。納入改革試點的納稅人繳納的增值稅可按規(guī)定抵扣。
自從，長期困擾運輸業(yè)的營業(yè)稅重復納稅問題得到根本上的解決。但是，在問題解決的同時，新的稅收征管問題也浮出水面。
運輸業(yè)稅率該多少？
增值稅稅改擴容后，上海地區(qū)的運輸業(yè)稅率該是多少哪？按國務院的規(guī)定，增值稅稅改擴容后增加11%和6%兩檔稅率，可見，運輸業(yè)的稅率不是11%就是6%。考慮到目前，企業(yè)取得非試點地區(qū)運輸企業(yè)開具的運輸業(yè)專業(yè)發(fā)票可以按7%計算抵扣額，那么，上海地區(qū)的運輸業(yè)稅率就應該高于7%，因此，我們可以推論，上海地區(qū)運輸業(yè)的增值稅適用稅率應該是11%。
汽車、輪船和飛機如何抵扣？
增值稅稅改擴容后，上海地區(qū)的運輸業(yè)需要繳納增值稅，相應的其獲得的進項稅可以抵扣。對于運輸企業(yè)來說，除房地產(chǎn)外，其主要有價值的固定資產(chǎn)就是汽車、輪船和飛機等運輸工具，這些運輸工具的進項稅是否可以抵扣？如何抵扣？
汽車、輪船和飛機等運輸工具其價值相對較高，尤其是輪船和飛機，如果允許其一次性抵扣進項稅，那么這些運輸企業(yè)估計幾年內(nèi)都不需要繳納增值稅了。如果平均按一定年限，比如折舊年限來抵扣，那么這些進項稅就無法直接納入防偽稅控系統(tǒng)，必須依靠企業(yè)的會計系統(tǒng)，或者稅務機關(guān)單獨建立一個稅控系統(tǒng)才能很好的控制，這無疑很大的提高了稅收征管成本。
考慮到擁有輪船和飛機的運輸企業(yè)多是大型企業(yè)，企業(yè)內(nèi)部控制相對健全，會計核算系統(tǒng)相對嚴密，依靠企業(yè)會計核算系統(tǒng)分次分期抵扣進項稅相對容易控制。而擁有汽車的運輸企業(yè)很多都是相對規(guī)模較小，如果單獨依靠企業(yè)會計核算系統(tǒng)控制分次分期抵扣進項稅，則無疑較大提高了對企業(yè)會計核算水平的要求；如果建立一套單獨的稅控系統(tǒng)來控制，則征管成本相對比較高。因此，允許汽車等價值較小的固定資產(chǎn)一次性抵扣，而輪船飛機等價值較大的固定資產(chǎn)分次分期抵扣進項稅是個比較合理的選擇。
港口和倉儲費用抵扣
運輸企業(yè)在經(jīng)營業(yè)務中必然發(fā)生港口和倉儲等支出，這部分支出如何抵扣？如果將港口和倉儲等經(jīng)營單位列入現(xiàn)代服務業(yè)，其適用稅率很可能為6%，而運輸企業(yè)很可能適用稅率為11%，那么其差額5%就是運輸企業(yè)實際負擔的部分理論稅負（實際稅負可能低于5%，因為運輸企業(yè)的固定資產(chǎn)和油料等獲得的進項稅稅率是17%）。但是，如果運輸企業(yè)支付給非試點地區(qū)的港口和倉儲等單位的支出，因為無法獲得進項稅，而稅負則相對可能提高。
輪船和飛機的保險費
目前看，金融業(yè)納入現(xiàn)代服務業(yè)征收增值稅的可能性比較低，而對于航運和空運企業(yè)來說，運輸工具本身的保險費和運輸業(yè)務的保險費都是比較大的支出，這部分支出無法獲得進項稅抵扣，對于航運和空運企業(yè)來說是個比較大的問題。