1997年財(cái)政部、原國家科委頒布的《科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)制度》（財(cái)文字[1997]第25號）是規(guī)范科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)管理的重要依據(jù)。隨著我國公共財(cái)政體制的逐步完善和科技體制改革的不斷深入，部分內(nèi)容已經(jīng)不能完全適應(yīng)新形勢、新要求。為進(jìn)一步規(guī)范科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)行為，加強(qiáng)財(cái)務(wù)管理和監(jiān)督，提高資金使用效益，促進(jìn)科技事業(yè)健康發(fā)展，財(cái)政部會同科技部對原制度進(jìn)行了修訂，修訂后的《科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)制度》(財(cái)教[2012]第502號)于2012年12月28日公布，并于2013年1月1日起實(shí)施。
根據(jù)2012年修訂的《事業(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》（財(cái)政部令第68號），結(jié)合科學(xué)事業(yè)單位實(shí)際，這次修訂遵循了保持現(xiàn)有科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)制度框架、體現(xiàn)財(cái)政改革相關(guān)成果、堅(jiān)持科學(xué)事業(yè)單位的公益屬性、突出科學(xué)化精細(xì)化管理要求的基本原則，增設(shè)了“內(nèi)部成本費(fèi)用管理”和“財(cái)務(wù)監(jiān)督”兩章，增加了三十二條，共分十三章八十五條，包括總則、單位預(yù)算管理、收入管理、支出管理、結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余管理、專用基金管理、資產(chǎn)管理、負(fù)債管理、內(nèi)部成本費(fèi)用管理、財(cái)務(wù)清算、財(cái)務(wù)報(bào)告和財(cái)務(wù)分析、財(cái)務(wù)監(jiān)督和附則。修訂的主要內(nèi)容有：
適應(yīng)財(cái)政改革的新要求，加強(qiáng)科學(xué)事業(yè)單位預(yù)算、收支和結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理�！妒聵I(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》是規(guī)范事業(yè)單位財(cái)務(wù)活動(dòng)的最高層次法規(guī)，是《科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)制度》的“上位法”。適應(yīng)財(cái)政改革的新要求，同時(shí)根據(jù)修訂后《事業(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》的新規(guī)定，加強(qiáng)了科學(xué)事業(yè)單位的預(yù)算、收支和結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理。一是按照部門預(yù)算改革的要求，進(jìn)一步規(guī)范單位預(yù)算編制，要求單位所有的收入和支出全部納入單位預(yù)算，完善了預(yù)算編制程序；加強(qiáng)預(yù)算執(zhí)行管理，嚴(yán)格預(yù)算執(zhí)行制度，盡量減少預(yù)算執(zhí)行過程中的調(diào)整；增加決算管理內(nèi)容，強(qiáng)化決算管理，體現(xiàn)預(yù)決算管理的完整性。二是規(guī)范和加強(qiáng)了收入支出管理。實(shí)行了“大收大支”管理，進(jìn)一步健全了科學(xué)事業(yè)單位收支管理制度。修改完善財(cái)政補(bǔ)助收入和事業(yè)支出的定義，在事業(yè)收入中新增教學(xué)活動(dòng)收入，在支出管理中增加了部門預(yù)算、國庫集中支付、政府采購、票據(jù)管理等制度改革和管理有關(guān)要求。三是完善結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余資金管理。將原結(jié)余劃分為結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余并實(shí)行不同管理；將結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余又劃分為財(cái)政撥款結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余、非財(cái)政撥款結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余兩部分，并分別作出原則性規(guī)定，以滿足對這兩類不同性質(zhì)的資金管理需要。
結(jié)合科學(xué)事業(yè)單位業(yè)務(wù)特點(diǎn)，加強(qiáng)科研項(xiàng)目資金管理。開展科研活動(dòng)是科學(xué)事業(yè)單位的主要業(yè)務(wù)活動(dòng)，《財(cái)務(wù)制度》大大充實(shí)了科研項(xiàng)目財(cái)務(wù)管理的內(nèi)容。一是加強(qiáng)了科研項(xiàng)目預(yù)算管理。明確單位是科研項(xiàng)目預(yù)算管理的責(zé)任主體，對科學(xué)、合理、真實(shí)地編制科研項(xiàng)目預(yù)算提出了明確要求，并規(guī)定科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)預(yù)算要按要求進(jìn)行公開等。二是加強(qiáng)了科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)支出管理。明確規(guī)定科研項(xiàng)目資金，應(yīng)當(dāng)按照國家有關(guān)規(guī)定或者合同要求進(jìn)行管理，不得截留、擠占、挪用和違反規(guī)定轉(zhuǎn)撥資金，不得虛列支出，不得以任何形式謀取私利。三是加強(qiáng)了科研項(xiàng)目資金結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理。針對目前部分科研項(xiàng)目存在結(jié)題后長期掛賬、不按規(guī)定結(jié)題結(jié)賬、對結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余經(jīng)費(fèi)不按規(guī)定執(zhí)行等情況，對科研項(xiàng)目資金結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余進(jìn)行了規(guī)范。
加強(qiáng)科學(xué)事業(yè)單位資產(chǎn)管理，規(guī)范了內(nèi)部成本費(fèi)用核算。一是根據(jù)形勢的變化，新制度提高了固定資產(chǎn)單位價(jià)值標(biāo)準(zhǔn)，將單位價(jià)值從500元以上提高到1000元以上。二是明確規(guī)定單位應(yīng)當(dāng)在保證正常運(yùn)轉(zhuǎn)和事業(yè)發(fā)展的前提下對外投資，并履行相關(guān)審批程序。強(qiáng)調(diào)科學(xué)事業(yè)單位不得使用財(cái)政撥款及其結(jié)余進(jìn)行對外投資，不得從事股票、期貨、基金、企業(yè)債券等投資。三是針對科學(xué)事業(yè)單位的實(shí)際，要求單位建立資產(chǎn)共享共用制度。四是明確規(guī)定對固定資產(chǎn)計(jì)提折舊，對無形資產(chǎn)進(jìn)行攤銷，以真實(shí)反映單位固定資產(chǎn)和無形資產(chǎn)的價(jià)值，為實(shí)施內(nèi)部成本費(fèi)用管理打下基礎(chǔ)，創(chuàng)造便利條件。同時(shí)，對固定資產(chǎn)計(jì)提折舊辦法和無形資產(chǎn)攤銷辦法作了原則性規(guī)定，規(guī)定折舊和攤銷不在單位當(dāng)期支出中反映，對單位的正常支出管理不產(chǎn)生沖擊。
為更好地為財(cái)政部門研究制定科研項(xiàng)目相關(guān)支出標(biāo)準(zhǔn)以及核定科研項(xiàng)目預(yù)算提供參考，也為有關(guān)科技主管部門進(jìn)行科技管理決策、合理高效配置科技資源提供有力支撐，《財(cái)務(wù)制度》規(guī)定具備條件的科學(xué)事業(yè)單位應(yīng)當(dāng)在支出管理的基礎(chǔ)上，按照財(cái)務(wù)主管部門和財(cái)政部門的要求或者根據(jù)業(yè)務(wù)發(fā)展需要，以科研項(xiàng)目為基本核算對象實(shí)施內(nèi)部成本費(fèi)用管理。《財(cái)務(wù)制度》對內(nèi)部成本核算的對象、方法、各類成本費(fèi)用的界定和劃分等進(jìn)行了統(tǒng)一的規(guī)定，建立起比原制度更加規(guī)范的成本費(fèi)用管理辦法，促進(jìn)科學(xué)事業(yè)單位加強(qiáng)經(jīng)濟(jì)核算，加強(qiáng)績效管理。
加強(qiáng)財(cái)務(wù)監(jiān)督，建立健全科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)監(jiān)督制度。財(cái)務(wù)監(jiān)督是科學(xué)事業(yè)單位財(cái)務(wù)管理的重要組成部分，為了建立健全財(cái)務(wù)監(jiān)督制度，《財(cái)務(wù)制度》增設(shè)了“財(cái)務(wù)監(jiān)督”一章。一是規(guī)定了財(cái)務(wù)監(jiān)督的主要內(nèi)容，要求對單位財(cái)務(wù)運(yùn)行的全過程實(shí)施監(jiān)督，包括對預(yù)算管理、收入管理、支出管理、科研項(xiàng)目資金管理、結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余管理、專用基金管理、資產(chǎn)管理、負(fù)債管理等的監(jiān)督。二是明確了財(cái)務(wù)監(jiān)督機(jī)制，實(shí)行事前監(jiān)督、事中監(jiān)督、事后監(jiān)督相結(jié)合，日常監(jiān)督與專項(xiàng)監(jiān)督相結(jié)合。三是規(guī)定了內(nèi)部和外部監(jiān)督制度，要求單位應(yīng)當(dāng)建立健全內(nèi)部控制制度、經(jīng)濟(jì)責(zé)任制度、財(cái)務(wù)信息披露制度等監(jiān)督制度，并依法接受財(cái)務(wù)主管部門和財(cái)政、審計(jì)部門的監(jiān)督。
目前，財(cái)政部、科技部還對《財(cái)務(wù)制度》的貫徹落實(shí)工作做出布置，制定了新制度的培訓(xùn)方案，即將啟動(dòng)新制度的培訓(xùn)工作，并指導(dǎo)各地方、各部門根據(jù)實(shí)際情況開展培訓(xùn)，同時(shí)，要求各單位加強(qiáng)對新制度的學(xué)習(xí)，結(jié)合新制度的規(guī)定，完善內(nèi)部財(cái)務(wù)管理辦法，做好新舊制度的銜接工作等。