2009年4月30日，財政部、國家稅務總局聯(lián)合頒布《關于企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]60號），對企業(yè)清算范圍、企業(yè)清算所得稅處理范圍、清算所得的計算等具體問題進行了明確。2009年7月17日，國家稅務總局頒布《關于印發(fā)〈中華人民共和國企業(yè)清算所得稅申報表〉的通知》（國稅函[2009]388號），發(fā)布了企業(yè)清算所得稅申報表、附表及其填報說明。至此，企業(yè)清算業(yè)務所得稅的實體法規(guī)和操作都有了明確規(guī)定。與原政策相比，企業(yè)清算業(yè)務企業(yè)所得稅處理有四大變化，將對納稅人清算階段的所得稅處理產生很大影響，納稅人應予以關注。
統(tǒng)一了內外資企業(yè)清算所得定義
原政策下，內資企業(yè)清算所得是指納稅人清算時的全部資產或者財產扣除各項清算費用、損失、負債、企業(yè)未分配利潤、公益金和公積金后的余額，超過實繳資本的部分。外資企業(yè)清算所得是其資產凈額或者剩余財產減除企業(yè)未分配利潤、各項基金和清算費用后的余額，超過實繳資本的部分。
財稅[2009]60號文件規(guī)定，清算所得是指企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額。
我們可以將稅法規(guī)定的清算所得理解為企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格減除資產的計稅基礎、加上債務清償損益，減清算費用、相關稅費后，再加上其他所得或支出后的余額。用公式表示為：
清算所得=資產處置損益+負債清償損益－清算費用－清算稅金及附加+其他所得或支出
可見，新政策下無論內外資企業(yè)，清算所得計算口徑是統(tǒng)一的。
清算所得計算原理改變
新政策提出可變現(xiàn)價值和交易價格的概念，導致清算所得計算原理的改變。財稅[2009]60號文件第四條規(guī)定，企業(yè)的全部資產可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。雖然《企業(yè)所得稅法》沒有對可變現(xiàn)價值進行定義，但可以參照《企業(yè)會計準則》對可變現(xiàn)價值的定義，即資產的可變現(xiàn)凈值應按照其正常對外銷售所能收到的現(xiàn)金或者現(xiàn)金等價物的金額，扣減該資產至完工時估計將要發(fā)生的成本、估計的銷售費用以及相關稅費后的金額來計量。
原內外資企業(yè)清算時，雖然計算清算所得的公式不同，但原理是一致的，基本上采用凈資產原理。新政策關于清算所得的計算采用變現(xiàn)資產的原理，反映了清算所得的實質，有利于克服原來清算中的許多弊端和缺陷。例如，企業(yè)未經(jīng)處置的房產，由于按歷史成本法核算，其固定資產凈值往往大大低于市場價格，清算時隱含的增值未實現(xiàn)，導致稅款流失。而新政策下企業(yè)清算時隱含的增值可以反映在清算所得里，有利于防止稅款流失。
清算所得允許彌補以前年度虧損
以前的稅務處理中，將清算期作為作為一個特殊的納稅年度，因此，清算所得有獨立的確認方法，不允許彌補經(jīng)營期的年度虧損。企業(yè)通常的做法是盡快在清算開始日前處理相關業(yè)務，使其應納稅所得可以彌補以前年度的虧損。但由于急于處置財產，提前償還債務，清算所得就會被提前轉變?yōu)檎Ｉa經(jīng)營所得，給企業(yè)帶來法律風險和稅務風險。如低價轉讓財產、以明顯不合理的價格進行交易、對沒有財產擔保的債務提供財產擔保、對未到期的債務提前清償、放棄債權等行為，從法律上講，這些行為不符合破產法的規(guī)定，即使在清算日前處置，仍可能被列入清算財產范圍。
財稅[2009]60號文件規(guī)定，清算所得在計算應納稅所得時，可以依法彌補虧損。從國稅函〔2009〕388號文件中的企業(yè)清算所得稅申報表設計來看，彌補以前年度虧損也作為一個清算所得減項處理，符合稅收中性原則，可以減少對納稅企業(yè)清算行為的影響。
稅收優(yōu)惠與清算業(yè)務不再絕緣
從國稅函[2009]388號文件中的企業(yè)清算所得稅申報表來看，清算所得到應納稅所得額中間存在4個減項，即免稅收入、不征稅收入、其他免稅所得和彌補以前年度虧損。除不征稅收入和彌補虧損不屬于稅收優(yōu)惠范疇外，免稅收入和其他免稅所得均屬于《企業(yè)所得稅法》第四章規(guī)定的稅收優(yōu)惠范疇。
一般來講，企業(yè)清算期間，正常的產業(yè)和項目運營一般都已停止，企業(yè)取得的所得已是非正常的生產經(jīng)營所得，企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的適用對象已不存在，企業(yè)應就清算所得按稅法規(guī)定的基本稅率繳納企業(yè)所得稅，清算所得不適用《企業(yè)所得稅法》所規(guī)定的稅收優(yōu)惠政策，包括小型微利企業(yè)、高新技術企業(yè)、重點軟件企業(yè)、技術先進型服務企業(yè)的優(yōu)惠稅率，過渡期優(yōu)惠稅率。而企業(yè)在經(jīng)營期的經(jīng)營或投資行為，為企業(yè)在清算期帶來的所得，應該仍然適用相關優(yōu)惠政策。如清算期在未處置某項長期股權投資前，被投資方分配股息紅利，清算組確定了投資收益，該投資收益符合稅法規(guī)定的免稅條件，即使在清算期確認，仍屬于免稅收入。