企業(yè)進口貨物，按照海關(guān)提供的完稅憑證上注明的增值稅額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，按照進口貨物應計入采購成本的金額，借記“材料采購”、“商品采購”、“原材料”等科目，按照應付或?qū)嶋H支付的金額，貸記“應付賬款”、“銀行存款”等科目。其具體會計處理方法與國內(nèi)購進貨物的處理方法相同，只是扣稅依據(jù)不同。
2.繳納增值稅的會計處理
企業(yè)上繳增值稅時，借記“應交稅費——應交增值稅（已交稅金）”科目，貸記“銀行存款”科目。收到退回多繳的增值稅，作相反的會計分錄。
3.轉(zhuǎn)出多交增值稅和未交增值稅的會計處理
為了分別反映增值稅一般納稅企業(yè)欠交增值稅款和待抵扣增值稅的情況，避免出現(xiàn)企業(yè)在以前月份有欠交增值稅，以后月份有未抵扣增值稅時，用以前月份欠交增值稅抵扣以后月份未抵扣的增值稅的現(xiàn)象，確保企業(yè)及時足額上交增值稅，企業(yè)應在“應交稅費”科目下設置“未交增值稅”明細科目，核算企業(yè)月份終了從“應交稅費——應交增值稅”科目中轉(zhuǎn)入的當月未交或多交的增值稅；同時，在“應交稅費——應交增值稅”科目下設置“轉(zhuǎn)出未交增值稅”和“轉(zhuǎn)出多交增值稅”專欄。
月份終了，企業(yè)計算出當月應交未交的增值稅，借記“應交稅費一應交增值稅（轉(zhuǎn)出未交增值稅）”科目，貸記“應交稅費——未交增值稅”科目；當月多交的增值稅，借記“應交稅費——未交增值稅”科目，貸記“應交稅費——應交增值稅（轉(zhuǎn)出多交增值稅）”科目，經(jīng)過結(jié)轉(zhuǎn)后，月份終了，“應交稅費——應交增值稅”科目的余額，反映企業(yè)尚未抵扣的增值稅。“應交稅費——未交增值稅”科目的期末借方余額，反映多交的增值稅，貸方余額，反映未交的增值稅。
值得注意的是，企業(yè)當月交納當月的增值稅，仍然通過“應交稅費——應交增值稅（已交稅金）”科目核算；當月交納以前各期未交的增值稅，則通過“應交稅費——未交增值稅”科目核算，不通過“應交稅費——應交增值稅（已交稅金）”科目核算。
4.減免及返還增值稅的會計處理
實行增值稅后，國家仍在一定范圍內(nèi)保留了減稅、免稅，并采取直接減免、即征即退、先征后退、先征稅后返還等形式。
對企業(yè)減免及返還的增值稅，除按照國家規(guī)定有指定用途的項目以外，都應并入企業(yè)利潤，照章征收企業(yè)所得稅。
對直接減免和即征即退的，應并入企業(yè)當年利潤征收企業(yè)所得稅；對先征稅后返還和先征后退的，應并入企業(yè)實際收到退稅或返還稅款年度的利潤征收企業(yè)所得稅。
在會計處理時，對于直接減免的增值稅，借記“應交稅費——應交增值稅（減免稅款）”科目，貸記“營業(yè)外收入”科目。對于企業(yè)實際收到即征即退、先征后退、先征稅后返還的增值稅，借記“銀行存款”科目，貸記“營業(yè)外收入”科目。
5.小規(guī)模納稅人增值稅會計處理
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由于小規(guī)模納稅企業(yè)實行簡易辦法計算交納增值稅，其購入貨物或接受應稅勞務所支付的增值稅額應直接計入有關(guān)貨物及勞務的成本。在編制會計分錄時，應按支付的全部價款和增值稅，借記“材料采購”、“原材料”、“制造費用”、“管理費用”、“經(jīng)營費用”、“其他業(yè)務成本”等科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”、“應付票據(jù)”等科目。
（二）銷售貨物或提供應稅勞務的會計處理
小規(guī)模納稅企業(yè)銷售貨物或提供應稅勞務，應按實現(xiàn)的銷售收入（不含稅）與按規(guī)定收取的增值稅額合計，借記“銀行存款”、“應收賬款”、“應收票據(jù)”等科目，按實現(xiàn)的不含稅銷售收入，貸記“主營業(yè)務收入”、“商品銷售收入”、“其他業(yè)務收入”等科目，按規(guī)定收取的增值稅額，貸記“應交稅費——應交增值稅”科目。發(fā)生的銷貨退回，作相反的會計分錄。
（三）繳納增值稅款的會計處理
小規(guī)模納稅人按規(guī)定的納稅期限上繳稅款時，借記“應交稅費——應交增值稅”科目，貸記“銀行存款”等科目。收到退回多繳的增值稅時，作相反的會計分錄。