1.增值稅的核算不規(guī)范，未按規(guī)定進行相關(guān)明細(xì)核算，如一般納稅人未設(shè)置“未交增值稅”科目核算應(yīng)交而未交及多繳的稅額；或?qū)α舻侄愵~也通過“未交增值稅”科目核算，出口退稅通過所謂的“補貼收入”科目核算等等，造成增值稅核算混亂。
2.運用“發(fā)出商品”科目核算發(fā)出的存貨，引起繳納增值稅時間上的混亂，按照增值稅條例規(guī)定，如采取直接銷售收款方式，商品（產(chǎn)品）發(fā)出后，即負(fù)有納稅義務(wù)（不論是否開具發(fā)票）。
3.行政管理部門等領(lǐng)用原材料、非正常損耗原材料，原材料所負(fù)擔(dān)的進項稅額并沒有做轉(zhuǎn)出處理，領(lǐng)用的產(chǎn)成品亦未視同銷售處理。
4.銷售廢料，沒有計提并繳納增值稅。
5.對外捐贈原材料、產(chǎn)成品未計提相應(yīng)的銷項稅額。
6.為降低稅負(fù)，有些企業(yè)接受虛開增值稅專用發(fā)票用于進項抵扣。對會計人員來說，虛開及接受虛開增值稅專用發(fā)票可能構(gòu)成嚴(yán)重的刑事犯罪。
7.一般納稅人每月的稅負(fù)率恒定，企業(yè)本意往往是希望人為控制稅負(fù)水平或為了不引起稅務(wù)局對異常申報的關(guān)注，而實際上正說明了“此地?zé)o銀三百兩”，因為通常進貨與銷售并不會同步，每月的稅負(fù)率出現(xiàn)適當(dāng)波動才是正常的。
8.取得的增值稅專用發(fā)票的開具方與收款人不一致，依規(guī)定如果收款人與發(fā)票開具方不一致，不可以抵扣增值稅進項稅額。
9.小規(guī)模納稅人達到規(guī)定的銷售額時，可能會被強制認(rèn)定為一般納稅人，因此，企業(yè)應(yīng)做好相關(guān)準(zhǔn)備。尤其是快要達到規(guī)定銷售額時，不宜保留太多存貨，否則被強制認(rèn)定一般納稅人后，該項存貨銷售時須按17%等稅率，進項卻沒有抵扣，不劃算。一般納稅人轉(zhuǎn)正時，通常是半年就需要達到100萬（工業(yè)）或180萬（商業(yè)）的銷售額，否則，難以轉(zhuǎn)正。