1.出口貨物退稅企業(yè)應在其出口貨物裝載的運輸工具辦結(jié)海關手續(xù)后，向其報關的海關申請辦理出口貨物的退稅專用報關單（淺黃色）。出口貨物在口岸海關直接辦理出口手續(xù)的，由企業(yè)在口岸海關辦理。出口貨物在內(nèi)地海關報關后轉(zhuǎn)關至口岸海關出口的，內(nèi)地海關在收到口岸海關的轉(zhuǎn)關的通知單回執(zhí)后，才予辦理出口貨物退稅專用報關單。海關根據(jù)實際出口貨物的數(shù)量、價格等簽發(fā)出口貨物專用報關單，并按規(guī)定收取簽證費。海關簽發(fā)出口貨物退稅專用報關單的時間為：裝載出口貨物的運輸工具辦結(jié)海關手續(xù)之日起，至海關放行貨物之日起的六個月內(nèi)。
2.辦理出口退稅必須在出口貨物實際離境后，因此，存入出口監(jiān)管倉庫的出口貨物要待貨物提取出倉庫并裝載運輸工具離境后，海關才能簽發(fā)出口貨物退稅裝用報關單。通過轉(zhuǎn)關運輸方式存入出口監(jiān)管倉庫的貨物，企業(yè)應在貨物裝載運輸工具離境后，向處境地海關申請辦理出口貨物退稅專用報關單。
3.提取出口保稅倉庫貨物銷售給國內(nèi)企業(yè)或三資企業(yè)進行深加工產(chǎn)品復出口的，海關按結(jié)轉(zhuǎn)加工的有關規(guī)定辦理，不予簽定出口貨物退稅專用報關單。
4.企業(yè)遺失海關簽發(fā)的出口貨物退稅專用報關單可以補辦，補辦時間為自該出口貨物辦結(jié)海關出口監(jiān)管手續(xù)之日起6個月內(nèi)。補辦時，企業(yè)應先到主管其出口退稅的地（市）國家稅務局申請，稅務機關經(jīng)核實出口貨物確實未辦理過退稅后，簽發(fā)《關于申請出具（補辦報關單）證明的報告》。企業(yè)得到《報告》后，應該到出口貨物原簽發(fā)海關去辦理補辦報關手續(xù)。海關憑《報告》補簽出口貨物退稅專用報關單。
5.企業(yè)開展進料加工業(yè)務出口貨物辦理出口退稅，必須持外經(jīng)貿(mào)主管部門批件，先送主管其出口退稅的稅務部門審核簽章，稅務部門逐筆登記并將復印件留存?zhèn)洳椤：ｊP憑有主管出口退稅稅務部門印章的外經(jīng)貿(mào)主管部門的批件，方能辦理出口料件“登記手冊”。企業(yè)因故未能執(zhí)行進料加工合同，需持原“登記手冊”或海關證明到主管稅務部門辦理注銷手續(xù)。
6.外商投資企業(yè)辦理出口貨物退稅，根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》和國務院有關規(guī)定，對1994年1月1日以后辦理工商登記的外商投資企業(yè)生產(chǎn)出口貨物，符合《出口貨物退（免）稅管理辦法》的在辦結(jié)海關出口手續(xù)后，可申請辦理出口貨物退稅專用報關章。
7.出口貨物遇特殊情況發(fā)生退關或退運，如海關已簽發(fā)了出口貨物退稅專用報關單，報關人需將該報關單退交海關；如企業(yè)以交國家稅務局辦理了退稅手續(xù)，則應向稅務局申請《出口商品退運已補稅證明》，在辦理退關或退運報關時隨報關單等一并遞交海關，才予辦理退關或退運。
8.對出口企業(yè)違法騙取退稅的行為，由海關和稅務機關按有關規(guī)定分別處理。