企業(yè)所得稅減免稅的會計處理，無論在理論界還是在會計實務操作中，都有不同的見解。（本文所稱減免稅，特指在稅率、稅基確定情況之下的稅款減免，主要包括日常稅收征管中的征前減免和各種退稅，不包括稅基優(yōu)惠、稅率優(yōu)惠以及抵繳稅款的會計處理。）
一、常用原則與方法
原則
目前，在理論界和實務界，一般將企業(yè)所得稅科目作為費用科目對待，按照權責發(fā)生制原則進行確認和處理。
企業(yè)所得稅減免稅，由于不是在企業(yè)生產經營過程之中發(fā)生的，而且受到行政行為影響，處于企業(yè)（納稅人）可控范圍之外，與企業(yè)一般經營行為性質不同，所以按照收付實現(xiàn)制原則核算。
方法
當前，關于企業(yè)所得稅退稅的會計處理，有兩種不同觀點。第一種觀點認為實際收到的退稅是企業(yè)當期所得稅費用的減項因素，應沖減當期的所得稅費用科目；第二種認為實際收到的退稅并不是企業(yè)實際經營收益，而屬于獲得的純利潤，應當直接進入資本公積、盈余公積等科目。兩者的共同點都在于堅持收付實現(xiàn)制，不同點在于收到退稅款的性質認定。
這兩種觀點或失之于偏頗，或缺少基本的理論支持。
因為，盈余公積是企業(yè)稅后利潤分配過程中產生的，資本公積則有其特定的會計處理規(guī)定，將企業(yè)所得稅退稅所得跳過稅后利潤認定環(huán)節(jié)，直接進入利潤分配環(huán)節(jié)，或者進入資本公積，顯然不符合規(guī)定。
第一，企業(yè)所得稅退稅所得不能認定為稅后利潤，不能按照稅后利潤分配的辦法處理。稅后利潤的認定有其嚴格的程序。退稅所得不是企業(yè)直接生產經營結果，而是企業(yè)前期或者當期生產經營結果的延續(xù)反映，并且一旦獲得退稅就處于企業(yè)的實際控制之中，與稅后利潤有著本質區(qū)別。至于企業(yè)當期經營是否盈利，應當將企業(yè)生產經營狀況與企業(yè)所得稅退稅結合起來衡量。
第二，企業(yè)所得稅退稅所得也不能全部認定為企業(yè)當期的所得稅費用的減項因素。從企業(yè)所得稅減免稅政策制訂角度和實際操作流程看，企業(yè)所得稅減免稅類型較多，程序各異。受到稅收征管規(guī)程的制約，不同目的的減免稅，實際操作流程不同，企業(yè)所得稅退稅款最終用途也不完全相同，企業(yè)實際獲得的經濟利益也不完全相同，具體會計處理不可能完全一致。
二、會計處理因情況而定
征前減免
征前減免就是在企業(yè)所得稅征收入庫之前即給與減免，企業(yè)無需實際繳納稅款。在此情況下，企業(yè)仍然需要計算應納所得稅，待稅務機關審批之后再確認減免稅。
企業(yè)在計算應納所得稅時，借記“所得稅”，貸記“應交稅金———企業(yè)所得稅”；確認減免稅時，借記“應交稅金———企業(yè)所得稅”，貸記“所得稅”。
由于沖減了所得稅費用科目，在期末結轉賬務的時候，相應增加了企業(yè)期末賬面利潤（然后按照規(guī)定進行分配）或者減少了賬面虧損。
即征即退與先征后退
即征即退是指企業(yè)按照規(guī)定向稅務機關申報納稅，稅務機關按照規(guī)定為企業(yè)當場辦理退稅手續(xù)。先征后退是指企業(yè)按照規(guī)定申報繳納所得稅后稅務機關再按照規(guī)定程序為企業(yè)辦理減免。
企業(yè)在計算應納所得稅的時候，借記“所得稅”，貸記“應交稅金———企業(yè)所得稅”；繳納稅款時，借記“應交稅金———企業(yè)所得稅”，貸記“現(xiàn)金”或者“銀行存款”科目；確認減免稅收到退稅款時，借記“銀行存款”，貸記“所得稅”。
由于沖減了所得稅費用科目，在期末結轉賬務的時候，相應增加了企業(yè)期末賬面利潤（然后按照規(guī)定進行分配）或者減少了賬面虧損，對企業(yè)稅后利潤產生了影響。
有指定用途的退稅
有些情況下，企業(yè)所得稅退稅款有其指定的用途，企業(yè)并不能全額獲得退稅款。其常見情形如下。
1、所得稅退稅款作為國家投資，形成專門的國家資本。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“實收資本———國家資本金”科目。
2、所得稅退稅款作為國家對所有投資人的贈與，用于企業(yè)發(fā)展再生產。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“資本公積———其他資本公積”科目。
3、所得稅退稅款作為專項用于某個項目、設備、特定人群的資金。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“其他應交款———××部門”、“其他應付款———××項目”科目。使用的時候，借記“其他應付款———××項目”科目，貸記“銀行存款”、“現(xiàn)金”科目。
上述1－3項退稅均沒有對企業(yè)稅后利潤產生影響。
4、所得稅退稅款部分用于企業(yè)的發(fā)展、部分按照規(guī)定上交有關部門。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，按照金額分別貸記“資本公積———其他資本公積”、“其他應交款———××部門”。使用的時候，分別借記“其他應付款———××部門”科目，貸記“銀行存款”、“現(xiàn)金”科目。