問題內容：新辦物流企業(yè)由于資源與地方規(guī)定自開票有差距，代開發(fā)票由主管地方稅務機關按發(fā)票金額3.3預征所得稅，國稅規(guī)定我們實行查賬征收、需要按季按25%稅率征收所得稅、并當期不得抵減開具發(fā)票時已向地稅機關已預交3.3的所得稅、有法律依據(jù)嗎？我們認為向國稅機關申報所得稅時應當將向地稅機關預交的3.3%所得稅作為國稅申報時的已經預交數(shù)進行抵減、年終進行匯算清繳才符合稅法的立法原則，請問相關法律依據(jù)級規(guī)定。
回復內容：根據(jù)《國家稅務總局關于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]第088號）文件的規(guī)定：
四、關于貨運發(fā)票開具問題（一）按代開票納稅人管理的所有單位和個人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個人），凡按規(guī)定應當征收營業(yè)稅，在代開貨物運輸業(yè)發(fā)票時一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費。同時按開票金額3.3%預征所得稅，預征的所得稅年終時進行清算。但代開票納稅人實行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進行所得稅清算。
因此，貴公司代開發(fā)票時預征的所得稅在年終時進行清算。