任何改革都不是一帆風順的。農(nóng)村稅費改革的巨大成果，得到了廣大農(nóng)民群眾的熱烈擁護和支持，這是不言而喻的。然而，我們在充分肯定成績的同時，也必須看到稅費改革后存在的不容忽視的諸多問題。
鄉(xiāng)村債務化解難
由于地方經(jīng)濟發(fā)展緩慢，財政困難，保穩(wěn)定與謀發(fā)展矛盾突出，同時不少地方和相關部門債務風險意識淡薄，監(jiān)督不到位，管理混亂，多年來，興修農(nóng)田水利、村村通水泥路項目貸款、道路修建養(yǎng)護、農(nóng)村教育、救濟等費用形成了巨額鄉(xiāng)村債務。
財力薄弱影響機構運轉
大部分鄉(xiāng)村集體財力微薄，鄉(xiāng)鎮(zhèn)只剩下為數(shù)極少的工商稅，取消了原先納入財政預算和財政財務開支的稅費項目，鄉(xiāng)鎮(zhèn)可用財力極少�？h對鄉(xiāng)鎮(zhèn)只能保人員工資發(fā)放，對村的轉移支付更少。尤其是邊遠貧困山區(qū)，行政成本高，工作條件差，工資補助沒保證，干部思想不穩(wěn)定。
遺留問題難解決
稅費改革后，由于歷史欠賬較多，興辦集體公益事業(yè)有事難議、難做，稅費尾欠難解決，轉移支付資金分配使用及跟蹤監(jiān)督不夠。
義務教育投入不足
農(nóng)村學校實行了“一費制”，取消了教育集資，使得農(nóng)村教育基礎性工作所需資金投入嚴重不足。
農(nóng)墊稅包袱無力解決
稅費改革后，鄉(xiāng)村兩級墊付的農(nóng)業(yè)稅數(shù)額巨大，無力解決。
不良資產(chǎn)難以盤活
應收未收款項由于逾期時間長，不良債權比較大，沒有得力辦法消赤減債，導致資產(chǎn)難以盤活，想辦的事沒法辦。
