任何改革都不是一帆風(fēng)順的。農(nóng)村稅費(fèi)改革的巨大成果，得到了廣大農(nóng)民群眾的熱烈擁護(hù)和支持，這是不言而喻的。然而，我們在充分肯定成績的同時，也必須看到稅費(fèi)改革后存在的不容忽視的諸多問題。
鄉(xiāng)村債務(wù)化解難
由于地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展緩慢，財政困難，保穩(wěn)定與謀發(fā)展矛盾突出，同時不少地方和相關(guān)部門債務(wù)風(fēng)險意識淡薄，監(jiān)督不到位，管理混亂，多年來，興修農(nóng)田水利、村村通水泥路項目貸款、道路修建養(yǎng)護(hù)、農(nóng)村教育、救濟(jì)等費(fèi)用形成了巨額鄉(xiāng)村債務(wù)。
財力薄弱影響機(jī)構(gòu)運(yùn)轉(zhuǎn)
大部分鄉(xiāng)村集體財力微薄，鄉(xiāng)鎮(zhèn)只剩下為數(shù)極少的工商稅，取消了原先納入財政預(yù)算和財政財務(wù)開支的稅費(fèi)項目，鄉(xiāng)鎮(zhèn)可用財力極少�？h對鄉(xiāng)鎮(zhèn)只能保人員工資發(fā)放，對村的轉(zhuǎn)移支付更少。尤其是邊遠(yuǎn)貧困山區(qū)，行政成本高，工作條件差，工資補(bǔ)助沒保證，干部思想不穩(wěn)定。
遺留問題難解決
稅費(fèi)改革后，由于歷史欠賬較多，興辦集體公益事業(yè)有事難議、難做，稅費(fèi)尾欠難解決，轉(zhuǎn)移支付資金分配使用及跟蹤監(jiān)督不夠。
義務(wù)教育投入不足
農(nóng)村學(xué)校實行了“一費(fèi)制”，取消了教育集資，使得農(nóng)村教育基礎(chǔ)性工作所需資金投入嚴(yán)重不足。
農(nóng)墊稅包袱無力解決
稅費(fèi)改革后，鄉(xiāng)村兩級墊付的農(nóng)業(yè)稅數(shù)額巨大，無力解決。
不良資產(chǎn)難以盤活
應(yīng)收未收款項由于逾期時間長，不良債權(quán)比較大，沒有得力辦法消赤減債，導(dǎo)致資產(chǎn)難以盤活，想辦的事沒法辦。
