1、一般納稅人與小規(guī)模納稅人同時并存。即一個企業(yè)辦理兩個營業(yè)執(zhí)照和稅務登記證，一個為增值稅一般納稅人，一個為小規(guī)模納稅人。在同一生產(chǎn)場地生產(chǎn)同一產(chǎn)品，一套生產(chǎn)、管理人員，同一法定代表人（或直系親屬掛名），同時對外銷售產(chǎn)品。購貨單位需要增值稅專用發(fā)票時就納入一般納稅人進行開票核算申報納稅，若需要普通發(fā)票或不需要發(fā)票就劃入小規(guī)模納稅人到門市開具或定期定額劃卡管理。這種情況大多出現(xiàn)在稅負高、兼營加工修理勞務的企業(yè)居多。
2、征稅企業(yè)與享受稅收優(yōu)惠（如民政福利）企業(yè)同時并存。一個為正常納稅企業(yè)，一個為享受“先征后返、即征即退”稅收優(yōu)惠政策的企業(yè)，同一廠區(qū)兩塊牌子，一套“人馬”，有的還是生產(chǎn)同樣的產(chǎn)品。表面上是分別核算，實際上“料、工、費”根本無法劃分，造成了正常納稅企業(yè)稅負低，利潤少，而享受優(yōu)惠政策的企業(yè)則反之。
3、生產(chǎn)企業(yè)（一般納稅人）與零售企業(yè)同時并存。特別是日常生活消費品生產(chǎn)、加工企業(yè)，自己有生產(chǎn)場地、設備并正常生產(chǎn)、加工產(chǎn)品，在臨街或在專業(yè)市場又設門市零售。生產(chǎn)企業(yè)按開票申報繳稅，門市則按4%或定期定額劃卡征收，造成了生產(chǎn)企業(yè)稅負低的假象。
4、新企業(yè)與老企業(yè)同時并存。有的企業(yè)為回避清理欠稅或怕潛在的偷稅問題今后被發(fā)現(xiàn)，或乘企業(yè)改制的機會，則在原有企業(yè)的基礎上重新辦理工商登記，經(jīng)營地址沒有變化、資產(chǎn)沒有變化（有的是新的租賃老的）、產(chǎn)品沒有變化，所不同的是原先的欠稅則掛在了老企業(yè)的名下，“名正言順”地把欠稅掛在一邊。
5、本地經(jīng)營與外地經(jīng)營同時并存。有的商業(yè)企業(yè)在本市為增值稅一般納稅人，為某商品品牌的地區(qū)總代理（經(jīng)銷），在其他縣市還設有多個銷售點，多數(shù)為小規(guī)模納稅人。增值稅一般納稅人企業(yè)購進商品時沒有明細，亦沒有清單，專用發(fā)票上的數(shù)量只是注明貨物一批，稅負奇低，毛利根本連房租都支付不起。
6、內資企業(yè)與外資企業(yè)同時并存。一個經(jīng)營地址兩塊招牌，一個內資，一個外資。而內外資企業(yè)一般都不是同一稅務分局進行稅收管理，且征管的政策、手段、方法不盡相同，加之再缺乏必要的聯(lián)系制度，造成了哪邊對企業(yè)有利就往哪邊歪，兩企業(yè)稅負懸殊，內資企業(yè)連年虧損，外資企業(yè)則享受相關優(yōu)惠政策。
以上存在的六個方面問題雖不是普遍現(xiàn)象，但在新的征管模式下應引起我們足夠的重視。在平時的征管中，我們對出現(xiàn)的這些新情況、新問題應及時加強管理，并不斷探索，從而找出稅收管理工作中存在的薄弱環(huán)節(jié)，采取切實有效的征管措施，真正達到稅收科學化、精細化管理的目的。
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